צוותים של אנשים שהלכו לעולמם לא מזמן, הושבו לתחייה וצוידו בכלי נשק מתקדמים, חייבים לשתף פעולה כדי להביס צבא של מפלצות בטוקיו ובאוסקה.
ב-5 אומות הנינג'ה הגדולות ביותר שבן נמצאים כפרי הנינג'ות הגדולים ביותר שהם כפר הענן הנסתר, כפר הערפל הנסתר, כפר החול הנסתר וכפר הסלע הנסתר נעלמים שינובים בעלי קקאי גנקאי, והמדינות מאשימות בכך את קונוהא, ומלחמת עולם רביעית עומדת להתפרץ. אבל מסתבר שהאשם האמיתי הוא הירוקו, שינובי עריק וחבר לשעבר של 3 הסאנינים האגדיים, שבוכה שהוא לא מיוחד ולא חזק כמוהם. אז הוא פיתח טכניקה שמאפשרת לו לגנוב יכולות תורשתיות וצ'אקרה מאחרים, וביחד עם שלושת אנשיו, הוא מחליט לגנוב את הקקאי גנקאי מרחבי כל העולם כדי להפוך לבן אלמוות בלתי מנוצח, לפתוח במלחמת עולם ולכבוש את העולם, כעת חסר לו רק טכניקה תורשתית אחת אחרונה, הירוקו מודע איזו טכניקה הוא רוצה לקחת ונארוטו ימנע בכל מחיר, אפילו להפר את פקודות הכפר!
לפני כאלף שנים, פרצה מלחמה אכזרית בין שני עמים ואיימה להחריב את העולם שהכרנו עד כה. המלחמה לקחה מקום למרגלות עץ ההתחלה, והיוותה איום לגורל האנושות כולה. אחד מאבירי הממלכה, סר ארון, שהיה בין היתר מאמנו של הפוקימון המסתורי – לוקאריו, לקח את ההחלטה לשים סוף למלחמה. הוא נעל את לוקריו במטה העתיק, הלך לעץ החיים והקריב את חייו על מנת להפסיק את המלחמה המרה ואת ההשלכות ההרסניות שלה. וכך חזר המצב לקדמותו וכולם חיו בשלום עד עצם היום הזה. כיום, אש קאצ׳ם וחבריו לוקחים חלק בנשף התחפושות בארמון המלכה. במהלך הטקס הם משחררים באופן בלתי צפוי את לוקאריו מתנומתו רבת השנים. יחד, אש, לוקאריו ושאר החברים, מנסים להגיע לעץ ההתחלה שנמצא בסכנה קיומית והם מחליטים לנסות להציל אותו. על הדרך הם לומדים מה באמת קרה לפני כל אותם שנים בקרב האדיר, וגם לומדים שיעור בחברות.
מטאוריט נופל עושה את דרכו לכיוון כדור הארץ, נכנס לאטמוספירה של כוכב הלכת ארץ ונוחת באיזור נידח. ריאוקוזה, שמתפקד על תקן שומר כדור הארץ, מבחין בשינוי הכוחות וישר ניגש לתקוף את החפץ הזר שמתגלה להיות דיאוקסיס, פוקימון חוצן. לאחר קרב ענקים, ריאוקוזה משמיד את דיאוקסיס ומחזיר את השקט לאדמה. ארבע שנים לאחר מכן אש וחבריו מגיעים לעיר לארוס ומתיידדים עם נער בשם טורי. טורי הוא בן של מדענים שמצליחים להחזיר את דיאוקסיס לחיים. אבל דבר זה שוב מעיר את ריאוקוזה, שמוכן להחזיר את השקט לאיזור בכל מחיר אפשרי. קרב ענקים נערך בין הפוקימונים האגדיים ואש והחבורה נקלעים באמצע כל המהומה. בנוסף לכך, העיר לארוס, שנבנתה על טכנולוגיה ורובוטי הגנה, מתחילה להפוך למקום מסוכן כאשר הרובוטים משיגים מחשבה משל עצמם, וזה תפקידו של אש קאטשם להחזיר את המצב לקדמותו.
פיטר – בעל, אב ועובד מסור, חי חיים אידאלים, גם אם מעט משעממים – אלא שפיטר חולם חלומות מציאותיים ביותר, חלומות בהם חייזרים אלימים תוקפים את כדור הארץ. מיום ליום גוברת בו התחושה שהחלומות האלה הם לא סתם חלומות – הם ניבוי של אירועים שעתידים לבוא, ויום אחד החייזרים אכן תוקפים – אותם חייזרים שמופיעים בחלומותיו של פיטר. לפתע הוא המפתח להצלת המין האנושי, כי הוא יודע מה הולך לקרות, ואולי הוא גם יכול לעצור את זה.
לבלקה, כלבת קרקס מפורסמת שכובשת לבבות, נמאס להיות באור הזרקורים. היא רוצה יותר משמעות בחייה מאשר להיות סתם כלבת שעשועים. סטרלקה, היא כלבת רחוב שובבה ומחוספסת, שגדלה והתחנכה ברחוב אבל אף פעם לא התאימה לשם. כבר נמאס לה לשוטט ברחובות ולחפש אוכל. יום אחד, בדרך לא דרך הן נפגשות והחברות ביניהן מרקיעה לשחקים... יחד לוקחות אותנו שתיהן איתן להיות צוות מנצח בחלל!