Masaru Kato muore in un incidente in cui si trova suo malgrado coinvolto. Stranamente, si risveglia in una stanza che non ha mai visto. Lì incontra i membri del cosiddetto “Team Tokyo”, il cui leader, Kurono, è appena morto. Assieme a loro, Masaru viene trasferito a Osaka City, una città circondata da un oceano di fuoco. A questo punto, Masaru si trova coinvolto in un gioco di sopravvivenza, di vita o di morte: si scontra con la squadra rivale, il “Team Osaka”, i cui membri sono una manica di furfanti; lotta con gli alieni; conosce Anzu Yamasaki, madre single e membro del Team Osaka. In balia dei vari eventi, Masaru continua a combattere per riuscire a tornare a casa dal fratello, l’unico membro rimasto della sua famiglia.

Quattro ninja con un’abilità innata, guardiani dei Villaggi Nascosti della Nuvola, della Pietra, della Nebbia e della Sabbia, spariscono improvvisamente dai loro rispettivi villaggi. Queste sospette sparizioni portano a poco a poco alla Quarta Grande Guerra Ninja. Nel Villaggio Nascosto della Foglia, Tsunade ordina ai suoi uomini di evitare la Guerra e scoprire cosa è realmente successo.

Sono passati tre anni dalla conclusione degli eventi della serie televisiva. La Terra e la federazione di Jovian sono arrivati ad una tregua. Tuttavia, Akito e Yurika sono entrambi spariti, presumibilmente morti in una esplosione di qualche anno prima, ed una nuova minaccia per la pace si sta prospettando. Ruri Hoshino, ormai cresciuta e diventata capitano della tecnologica Nadesico B, decide di svelare il mistero.

Nel leggendario passato, prima che le Poké Ball fossero inventate, un Pokémon eroe aura-guida di nome Lucario percepì due gruppi di eserciti in procinto di scontrarsi e la minaccia di una guerra massiccia davanti al castello di Oldoran, nel Kanto, che non avrebbe lasciato superstiti. Ha trasferito questo messaggio al suo padrone, il leggendario eroe Arlon, mentre veniva attaccato da un violento gruppo di Hellgar. Durante la battaglia, il suo senso della vista andò perso e fu reso incapace di vedere. Usò l'individuazione della sua Aura, e così con l'offensiva Wave Bomb li eliminò. Nonostante la minaccia, la regina di Rota, Lady Rin era decisa a morire con i suoi civili, e così Arlon fece una scelta.

2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...

Estate 1969: Kenji e i suoi amici costruiscono un nascondiglio segreto in un terreno abbandonato. Iniziano quindi a stilare il "Libro delle Profezie", in cui i bambini s'inventano una storia in cui devono combattere contro dei malvagi che vogliono conquistare il mondo. 1997: Kenji è padrone di un piccolo minimarket a conduzione familiare; abbandonato il suo sogno giovanile di diventare una rockstar, sembra aver accettato l'idea di vivere un'esistenza normale, impegnandosi nel frattempo ad accudire la nipote Kanna, figlia della sorella Kiriko morta prematuramente. La sua quotidianità viene scombussolata quando uno dei suoi vecchi compagni di scuola, Donkey, muore misteriosamente; subito dopo una famiglia vicina di casa di Kenji scompare. Mentre una catena di eventi sembra ripercorrere gli eventi descritti nel Libro delle Profezie, fa la sua comparsa una setta religiosa guidata da un misterioso leader, che si fa chiamare l'Amico. Sta per iniziare la fine del mondo? E chi è l'Amico?

Un meteorite precipita su un territorio artico. Dall’impatto emerge Deoxys, Pokemon proveniente dallo spazio. Sentendosi minacciato, Rayquaza, Guardiano dei Cieli, inizia ad attaccarlo.

Un vecchio invalido viene scelto come cavia per un inedito esperimento scientifico, e così viene affidato alle cure di una insolita infermiera, il letto robotico Z-001, direttamente collegato alle sue onde cerebrali. Ma l'automa evolverà in un modo del tutto imprevisto dai suoi creatori, trasformandosi nell'inarrestabile realizzatore dei desideri più reconditi del vecchio malato.

Un padre di famiglia ossessionato dai sogni di un'invasione aliena affronta il suo incubo quando gli extraterrestri incominciano a sterminare gli abitanti della Terra.

Mosca, agosto 1960. Molti cani randagi spariscono misteriosamente, catturati da un'auto nera che si aggira nelle ore notturne per le strade della città, e nessuno sa dove vengano portati. Belka è fortuinata, perchè con il suo numero del razzo spaziale è la star del circo di Mosca ed è molto amata dal pubblico. Per molti altri cuccioli come Strelka invece, la situazione è drammatica. Un giorno però, le due cagnette vengono rapite dalla misteriosa automobile e portate al centro spaziale dove, sotto la guida del cane istruttore Kazbek, e aiutate dal topolino Venya, saranno addestrate per la conquista dello spazio.