Când Alita se trezește fără să-și amintească cine este, într-o lume din viitor pe care nu o recunoaște, ea este luată de Ido, un medic binevoitor care își dă seama că undeva în acest corp de cyborg abandonat se află inima și sufletul unei tinere cu un trecut extraordinar. În timp ce Alita învață să-și trăiască noua viață pe străzile rău famate ale orașului Iron, Ido încearcă să o protejeze de trecutul ei misterios, în timp ce noul ei prieten Hugo o ajută să-și recapete memoria. Dar atunci când forțele mortale și corupte care conduc orașul vin după Alita, ea descoperă un indiciu din trecutul ei – că are abilități unice de luptă încât nimic nu o va putea opri. Dacă ar putea stăpâni aceste abilități, ar putea fi salvarea prietenilor, a familiei și lumii în care a crescut.

Echipa trebuie să apere orașul Sion, ultimul bastion al oamenilor, după ce acesta este luat în vizor de mașinile care au creat Matricea.

Lunetist excepțional și playboy, detectivul privat Ryo Saeba se alătură cu scepticism surorii răposatului său partener pentru a-i investiga moartea.