Début 19ème siècle. De retour à Edo après trois ans d'études à Nagasaki, le jeune docteur Noboru Yasumoto est décidé à y faire une brillante carrière. Il rêve d'une nomination dans l'hôpital du Shogunat. Sa connaissance de la médecine occidentale et ses origines le destinent aux plus hautes sphères médicales. Mais sa première affectation l'envoie dans un quartier très pauvre de Tokyo, à la clinique de l'intransigeant Dr Niide dit "Barberousse". Egoïste et arriviste, le docteur est mécontent d'être aux ordres d'un médecin dans un endroit qui ne correspond pas à son diplôme et à son ambition. Mais peu à peu, Yasumoto surmonte son amère déception et s'attache aux malades et à son étrange patron. Barberousse est un médecin atypique au coeur pur entièrement dévoué à la cause des plus pauvres. En fréquentant les laissés pour compte de la société, Noboru s'humanise...

Terriblement traumatisé par la fin prochaine de sa femme et la paralysie d'un de ses collegues, blessé au cours d'une fusillade, le détective Nishi quitte la police. Il va commettre un hold-up pour soulager les miseres de ceux qui l'entourent. La sérénite du dernier voyage qu'il entreprend avec sa femme, vers le mont Fuji, va etre brisée par l'arrivée de yakusas vengeurs.

Murakawa, le bras droit du chef yakuza Kitakima est appelé d'urgence afin venir en aide au clan Anan en guerre contre un clan rival. Murakawa qui était sur le point de prendre sa retraite perd plusieurs hommes après un attentat à la bombe et une fusillade. Pour se protéger, il se réfugie sur Okinawa avec quelques hommes dans une maison au bord de la mer, le temps que les choses se calment. Dans les premiers temps, ils s'ennuient et tentent de se divertir par plusieurs moyens, mais rapidement sous l'impulsion de leur chef, ces anciens yakuzas vont apprendre à s'occuper et à vivre simplement. Murakawa quant à lui, homme fatigué et désabusé, va réapprendre à profiter du moment présent grâce à cette pause improvisée. Il ignore pourtant que pendant ce temps là, son chef est en train d’opérer un rapprochement stratégique avec le groupe rival, alors lorsqu'il découvre la vérité il décide de se venger et abat tous ceux qui l'ont trahi.

Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.

Dans un Tokyo futuriste, une immense guerre des gangs fait rage et divise la ville en quatre clans qui veulent imposer leurs règles. À la tête de deux bandes, deux anciens amis rivalisent et les rancoeurs et sentiments personnels viennent se mêler aux affrontements des hommes dans un chaos toujours grandissant.

2054. Dans un Paris labyrinthique où chaque fait et geste est contrôlé et filmé, Ilona Tasuiev, une jeune scientifique jalousée par tous pour sa beauté et son intelligence, est kidnappée. Avalon, l'entreprise qui emploie Ilona, fait pression sur Karas, un policier controversé, spécialisé dans les affaires d'enlèvement, pour retrouver au plus vite la disparue.Karas sent rapidement une présence dans son sillage. Il n'est pas seul sur les traces d'Ilona et ses poursuivants semblent prêts à tout pour le devancer.Retrouver Ilona devient vital : la jeune femme est l'enjeu d'une guerre occulte qui la dépasse. Elle est la clef d'un protocole mettant en cause le futur du genre humain. Le protocole Renaissance...

Emu O'Hara, jeune peintre, est témoin du meurtre d'un gangster japonais sur les hauteurs de San Francisco. Le meurtrier, un élégant et beau jeune homme, verse une larme de remords. Cette marque d'humanité n'échappe pas à la jeune femme qui se sent, depuis l'enfance responsable de la mort tragique de ses parents. De retour à Vancouver, Emu est devenue un témoin capital que se disputent la police et le puissant chef yakuza Shimazaki, père du gangster executé par Crying Freeman.

Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.

Deux policiers, dont un vétéran féru de culture japonaise, vont mener l’enquête sur un crime commis dans le milieu nippon de Los Angeles.