Scooby, Daphne, Velma, Shaggy und Fred sind auf dem Weg zu einem Vergnügungspark, weil Daphne dort ihre Lieblings-Band KISS bei ihrem Halloween-Konzert sehen will. Vor Ort erfahren die Freunde jedoch, dass im Park seit Längerem eine Hexe ihr Unwesen treibt und ein Monster herbeirufen will, das die Erde zerstören soll. Natürlich bieten Scooby, Daphne, Velma, Shaggy und Fred umgehend an zu helfen.

Jack und Annie, zwei normale Kinder aus Frog Greek, finden beim Spielen ein mysteriöses Baumhaus voller Bücher. Jack kann seine Neugier kaum in Zaum halten und entdeckt dabei ein Buch über Dinosaurier. Doch kurz nachdem er es aufgeschlagen hat, stehen die Geschwister plötzlich vor einem T-Rex. In allerletzter Sekunde werden sie dabei von einem Pteranodon gerettet. Geschockt von dem Erlebnis müssen die beiden feststellen, dass sie sich in der Kreide-Zeit befinden. Und so beginnt ihr Abenteuer um Zauberei, fabelhafte Wesen und das magische Baumhaus.

Der Viertklässler Aoyama ist ein ernsthafter Schüler, der seine täglichen Beobachtungen und Experimente sorgfältig in seinem Notizbuch festhält und die verbleibenden Tage bis zum Erwachsenwerden zählt. Eines Tages taucht eine Horde geheimnisvoller Pinguine in seiner beschaulichen Heimatstadt auf. Gemeinsam mit der hübschen Zahnarzthelferin, für die er heimlich schwärmt, beginnt Aoyama, den mysteriösen Vorkommnissen auf den Grund zu gehen. Als er mit seinen Klassenkameraden Hamamoto und Uchida auf einer versteckten Lichtung eine seltsame, riesige Wasserkugel entdeckt, die unvermittelt Gegenstände verschluckt, kommt ihm eine Vermutung: Beide Ereignisse könnten zusammenhängen und die Zahnarzthelferin muss der Schlüssel zur Lösung sein …

Nachdem der Superschurke Gru die drei Waisenkinder Margo, Edith und Agnes adoptiert hat, hat sich in seinem Leben viel geändert. Anstatt als Griesgram Verbrechen zu begehen, dreht sich sein Leben nun um Gute-Nacht-Geschichten, Kindergeburtstage und erste Verehrer der Mädchen. Sein neues Leben wird plötzlich gestört, als Lucy, eine Agentin der geheimen Anti-Villain League, Gru gegen seinen Willen zu deren Zentrale führt. Dort bekommt Gru den Auftrag, die Welt vor einem neuen Bösewicht zu retten. Eifrig macht sich Gru ans Werk und bekommt dabei erneut Hilfe von Dr. Nefario und seinen meist sehr tollpatschigen Minions. Doch seine neue Aufgabe mit der Erziehung seiner Adoptivtöchter in Einklang zu bringen ist nicht leicht und auch mit der Situation, dass Lucy auch außerhalb der Arbeit sehr von Gru angetan ist, überfordert den ehemaligen Einzelgänger.