في أعقاب التأثير الرابع، تقطعت بهم السبل بدون الإنجيليين، وجد شينجي وأسوكا وري ملاذًا في أحد الجيوب النادرة للبشرية التي لا تزال موجودة على كوكب الأرض المدمر. هناك، يعيش كل منهم حياة مختلفة تمامًا عن أيامهم كطيار إيفانجيليون. ومع ذلك، فإن الخطر على العالم لم ينته بعد. يلوح في الأفق تأثير جديد - تأثير سيثبت أنه النهاية الحقيقية لإيفانجيليون.
حول كلب آلي تم تصنيعه عسكريًا لكي يحمي ويساعد الجنود في المستقبل، لكن في أحد التجارب التي ذهبت على نحو خاطئ يكتشف شخص اسمه (مايلز) هذا الكلب ويتمكن من التواصل معه لتنشأ بينهما صداقة خاصة، تجعل الكلب الآلي يذهب معه في أي مكان وحمايته من أي خطر.