В океане начинают пропадать японские корабли. От них остаются только оборванные радиограммы, сообщающие о столбах пламени, рвущихся из океана.
Долгие годы жители поражённого радиацией островка в Тихом океане поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре и заодно её огромному яйцу, из которого в своё время должна была вылупиться новая Мотра. Так продолжалось до тех пор, пока на остров не налетел тайфун, который смыл драгоценное яйцо в море и прибил к берегам Японии, где его выловила бригада рыбаков. Мотра в сопровождении двух своих фей-хранительниц обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо обратно, но получила отказ: находка уже попала в руки крупной корпорации, решившей превратить яйцо в прибыльный аттракцион для туристов. Впрочем, когда страну вновь начал терроризировать Годзилла, людям ничего не оставалось, кроме как признать свою ошибку и просить Мотру о защите.
Недалеко от Японии, в водах океана, просыпается Годзилла, которого все считали мёртвым. Он движется в сторону самого большого острова Японии. Группа телевизионщиков отправляется на остров, где, согласно легендам, живёт Бог, и находит там гигантскую гориллу по имени Конг. Телевизионщики перевозят гориллу в Японию. Кинг Конг сбегает и начинает вести сражение против Годзиллы.
К 1999 году все гигантские земные монстры (в том числе и Годзилла) оказались пойманы и отправлены на небольшой японский островок для заточения и изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.
Компания друзей устраивает вечеринку в одной из нью-йоркских квартир, как вдруг в гигантcком мегаполисе гаснет свет, и город сотрясают разрушения невиданного масштаба. Через некоторое время становится понятно, что источник разрушений — не что иное, как колоссальное кровожадное чудовище. Для уничтожения ужасной твари мобилизированы войска. У главных героев, не примкнувших к потоку эвакуируемых, а пытающихся спасти свою раненую подругу из центра событий, остаётся совсем немного времени для того, чтобы выбраться из города.
В конце Второй мировой войны немцы перевозят бессмертное сердце монстра Франкенштейна в Японию, чтобы не допустить его захвата союзниками. После ядерной атаки США на Хиросиму оно оказывается потерянным. Спустя годы на улицах города появляется дикий мальчик, порожденный бессмертным сердцем монстра.
На морское судно нападает огромный зеленый монстр. По описанию выжившего он напоминает чудовище, росшего в научной лаборатории Токио. Ученые в недоумении, неужели маленький дружелюбный Мактаин, которого отвезли в Гималаи, вернулся и стал нападать на людей? Или появился еще один монстр, который вырос вдали от цивилизации, хотя Мактаин считался единственным?
Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.
Как выяснилось, Годзилла, убитый кислородом-разрушителем, был не единственным своем роде. Вскоре появляется еще один Годзилла, которого на этот раз называют Гигантисом. Гигантис появляется вместе с другим монстром — Ангирусом. Гигинатис и Ангирус появляются в Осаке, где начинают сражение. После долгой и упорной борьбы Гигантис убивает Ангируса и продолжает крушить город. Вскоре люди придумывают план, как избавиться от монстра…