SEELE järjestää täysimittaisen hyökkäyksen NERViä vastaan tarkoituksenaan tuhota EVAt ennen kuin Gendo käynnistää Kolmannen iskun ja Ihmiskehitysprojektin.
Kun 9 (Elijah Wood) syntyy, hän huomaa olevansa maailmanlopun jälkeisessä maailmassa. Ihmisiä ei enää ole, ja ainoastaan hyvän tuurin ansiosta hän löytää pienen ryhmän muita hänen kaltaisiaan jotka pakenevat henkensä kaupalla pelottavia koneita, jotka hallitsevat maailmaa. Vaikka 9 on tämän joukon untuvikko, niin hän saa muut vakuuttauneeksi siitä, että pakoilu ei kannata. Heidän täytyy ryhtyä hyökkäykseen selvitäkseen hengissä ja samalla selvittää, miksi koneet haluavat tuhota heidät. Pian he huomavat, että itse elämän säilyminen saattaa olla heidän käsissään...
Zombien hyökkäys saa aikaan kaaoksen Harvardvillen lentokentällä. Leon S. Kennedy ja Claire Redfield, jotka taistelivat Umbrella Corporationia vastaan Raccoon Cityn murhenäytelmän aikana seitsemän vuotta sitten, ovat palanneet. Takuuvarmaan Resident Evil -tyyliin he ovat valmiita haastamaan kostoa janoavan soturin, jonka perhe tapettiin Raccoon Cityssa. Tappava virus pääsee valloilleen, ja uusi mutanttihirviö riehuu ihmisten keskellä. Onnistuvatko Claire ja Leon pysäyttämään viruksen, vai toistaako historia itseään?
Tulevaisuuteen sijoittuva tarina kertoo hedonistisesta ja utopistisesta yhteiskunnasta, jossa kukaan ei elä yli 30-vuotiaaksi. Viranomaiset ovat päättäneet, että sen vanhemmaksi kukaan ei saa tulla. Toisinaan kupoliin rakennetusta kaupungista yritetään paeta tarkoituksena löytää Pyhätöksi kutsuttu turvapaikka kaupungin ulkopuolelta - näitä karkureita kutsutaan juoksijoiksi. Juoksijoita jahtaavat kuolemanpartiot - poliisit joita kutsutaan nukkumateiksi. 29-vuotias Sandman Logan 5 on nukkumatti, mutta kieltäytyy uskomasta, että myös hänen elämänsä on pian lopussa. Hän saa kaupungin toimintaa ohjaavalta tietokoneelta tehtäväkseen tekeytyä juoksijaksi ja etsiä Pyhättö kaupungin ulkopuolelta. Hänen onnistuu saada liittolaisekseen nuori Jennifer 6 ja hänen avullaan soluttautua juoksijoiden joukkoon. Jennifer 6:n kanssa hän pakeneekin lopulta kaupungista ja löytää ulkomaailman, villin luonnon.
Iso-Britannia 2007. "Reaper virukseksi" ristitty tappava tauti niittää tuhoa. Uhreja on jo satojatuhansia. Epätoivoinen hallitus evakuoi mahdollisimman monta eloonjäänyttä saastuneelta alueelta ja rakentaa sitten muurin, joka estää muiden pakenemisen. Kolmekymmentä vuotta myöhemmin muuri on edelleen pystyssä ja uhrit lähes unohdettuja, kunnes alkaa uusi epidemia. Hallitus päättää lähettää asiantuntijatiimin majuri Eden Sinclairin johdolla muurien sisäpuolelle etsimään vastalääkettä vitsaukseen.
Mies herää muistinsa menettäneenä ja huomaa olevansa maailmassa, jonka biologinen sodankäynti on tuhonnut. Hän tapaa nuoren naisen, joka auttaa häntä pakenemaan, mutta zombit ovat heidän kannoillaan. Miehen on tehtävä äärimmäinen uhraus, jotta nainen pelastuisi.
Resurssit ovat huvenneet olemattomiin post-apokalyptisessa maailmassa. Yksi viimeisistä turvapaikoista on Oasis, jonka prinssi lähtee etsimään parannuskeinoa kuolevalle äidilleen. Hänen vastassaan ovat raaka sotapäällikkö, hänen tappava robottinsa sekä demoninen huumeruhtinas. Seurauksena on kiihkeätempoinen matka tulevaisuuden erämaiden halki Mad Max-hengessä.