크리스마스 전에는 돌아오겠다는 메모와 약간의 돈을 남긴 채 어디론가 떠나버린 엄마. 열두 살의 장남 아키라, 둘째 교코, 셋째 시게루, 그리고 막내인 유키까지 네 명의 아이들은 엄마를 기다리며 하루하루를 보낸다. 아키라는 동생들을 돌보며 헤어지지 않으려고 최선을 다하지만, 겨울이 지나고 봄이 되어도 엄마는 나타나지 않는다. 시간이 흐를수록 엄마가 빨리 돌아오지 않을 것이라는 생각을 한 네 명의 아이들은 감당하기 벅찬 시간들을 서로에게 의지하며 함께 보내기 시작하는데…

오랫동안 정치적 망명을 떠났던 과학자 제트가 고국으로 돌아온다. 1963년 5월, 그는 핵 실험을 반대하는 연설을 하던 도중 원인 모를 습격을 받아 중태에 빠졌다. 정부에서는 그 사건의 진실을 묻어두기 위해 판결을 조작한다. 그러나 제트의 희생이 정부 관료들에 의해 꾸며진 음모라는 것이 밝혀지고, 이 사건을 묵인하려 했던 정부 관료들은 실형을 선고받는다. 하지만 1967년 쿠데타가 발생하고, 이들은 군사 정권에 의해 다시 복권되는데...

1873년 메이지 시대의 일본. 시마네현 코이치 마을이라는 시골 마을의 교사가 된 남편 고와 함께 어린 아들 시로를 데리고 가던 카시마 사요는 3명의 남자들과 1명의 여자에게 공격당해 남편과 아들은 잔인하게 살해당하고 자신은 처참하게 윤간, 폭행을 당한다. 자신을 끌고 갔던 쇼케이 도쿠이치를 죽이고 나머지를 찾아 다니다가 붙잡혀 살인 혐의로 수감된 그녀는 남은 자들에게 복수하기 위해, 그리고 그 복수를 실현시켜줄 아이를 낳기 위해 닥치는 대로 간수들을 유혹하여 관계를 가진다. 그 결과 유키(雪)라는 딸을 낳은 그녀는 난산으로 인해 죽게 된다. 복수를 위해 아이를 키워달라는 사요의 유언을 기억하던 감방 동기들 중 하나이며 아이를 받아주었던 미카즈키 오토라에 의해 유키는 무사출신의 승려인 도카이(道海)로부터 검술을 배우고 20세가 되었을 때에 복수의 화신으로 어머니의 원수들을 하나하나 처리하기 시작한다. 코이치 마을 출신인 거지집단의 두목 마츠에몬의 도움을 받아 나머지 세 명의 행방을 수소문하게 된다

고도의 훈련을 받은 최고의 암살요원 제이슨 본. 사고로 잃었던 기억을 단편적으로 되살리던 제이슨 본은 자신을 암살자로 만든 이들을 찾던 중 블랙브라이어라는 존재를 알게 된다. 블랙브라이어는 비밀요원을 양성해내던 트레드스톤이 국방부 산하의 극비조직으로 재편되면서 더욱 막강한 파워를 가지게 된 비밀기관. 그들에게 자신들의 비밀병기 1호이자 진실을 알고 있는 유일한 인물인 제이슨 본은 반드시 제거해야 하는 대상이다. 블랙브라이어의 실체를 알게 된 제이슨 본은 전 세계를 실시간 통제하며 자신을 제거하고 비밀을 은폐하려는 조직과 숨막히는 대결을 시작하는데...

일상이 무료하고 외로운 밥 해리스와 샬롯은 도쿄로 여행온 미국인이다. 영화배우인 밥은 위스키 광고 촬영차 일본을 방문했지만 일본의 낯선 문화와 의사소통의 어려움으로 소외감을 느낀다. 갓 결혼한 샬롯은 사진작가인 남편을 따라 일본에 왔지만, 외로움과 불확실한 앞날에 대해 번민한다. 같은 호텔에 머무르고 있던 밥과 샬롯은 호텔바에서 우연히 마주친다. 두 사람은 서로의 모습 속에서 공통점을 발견하고 서로에게 이끌리게 된다. 이 둘은 도쿄 시내를 함께 구경하고, 얘기를 나누면서 급속도로 가까워지는데...

기억상실증에 걸린 전직 CIA의 요원 제이슨 본(맷 데이먼)은 밤마다 알 수 없는 악몽에 시달린다. 그 악몽이 바로 자신이 예전에 실제로 겪었던 일임을 확신하는 제이슨 본. 그는 자신을 제거하려는 CIA를 피해 연인 마리와 함께 떠돌이 생활을 하지만, 쫓고 쫓기는 와중에 연인 마리는 CIA 요원에게 살해된다. 여러 단서들을 이어 붙여 퍼즐을 맞춰가던 제이슨은 자신이 러시아 하원의원 네스키와 그 부인의 피살사건과 연관되어 있음을 알게 된다. 사건의 배후엔 CIA 자금 횡령의 음모가 숨어 있었는데...

극심한 사회혼란을 겪고 있는 일본. 학급붕괴와 범죄에 노출된 청소년들을 강력한 생존 능력의 소유자로 만들기 신세기교육개혁법(BR법)이 공표된다. BR 법은 전국의 중학교 3학년 중에서 매년 한 학급을 행동범위가 제한된 일반인이 없는 장소에 이송하여 지도와 일정의 음식, 그리고 여러 가지 무기를 나눠 주고, 마지막 한 사람이 남을 때까지 서로 죽이게 한다는 법률. 제한 시간 3일 동안 위법 행위에 구애받지 않고 서로를 죽여야 한다. 수학여행을 위장하여 무인도에 도착한 학생들은 마치 게임처럼 진행되는 상황에 경악하지만, 생존을 위해 결국 서로의 목숨을 빼앗기 시작한다.

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

케이프 케나벨에서 발사된 미국의 로켓이 우주에서 정체불명의 우주선에 납치된다. 미국과 소련은 긴장하게 되고 영국이 중간에서 사건을 해결하기로 한다. 007은 좀더 편한 신분으로 활동하기위해 살해당한 것처럼 위장을 하고 괴우주선이 착륙한 지점으로 의심이 가는 일본으로 간다. 일본지부의 도움으로 정보를 얻던 007은 오사토 화학 회사가 중국으로부터 로케트의 연료인 액체 산소를 가져온 것을 알고는 확신을 얻게 되는데 그 와중에 아키가 살해당하고 만다. 007은 의심이 가는 섬부근의 어부로 행세하기 위해 키시와 위장 결혼을 하는데...

플로리다의 어느 화창한 휴일, 제임스 본드의 오랜 친구인 펠릭스 라이터의 결혼식. 007이 막 결혼식에 참석하려던 찰나, 억만장자 마약왕 산체스가 근처에 있다는 보고를 받는다. 한때 CIA 요원이었던 라이터는 남 플로리다의 마약소속반으로 활약하면서 산체스를 법정에 세우기 위해 필사의 노력을 기울였지만 산체스에게 매수된 정치인들의 비호 때문에 매번 실패를 거듭했다. 드디어 산체스를 잡을 기회가 온 것. 본드와 라이터는 산체스를 잡기 위해 육상과 공중을 오가며 숨막히는 추격전을 벌이는데...

프랑켄슈타인의 세포에서 태어난 인간형 바다 짐승 가이라가 도쿄의 해안을 공격한다. 일본군이 행동을 취할 준비를 하는 동안, 가이라의 가르간투아 형제인 산다는 그의 친척을 지키기 위해 산에서 내려온다. 선과 악의 싸움이 이어지며, 형제들은 분열되고 도시는 폐허가 된다.

모스라가 사는 인펀트섬을 점령한 테러리스트들, 일명 '붉은 대나무'는 이곳을 기지로 삼고 주민들을 강제로 일을 시킨다. 바다에는 에비라랍스터가 지키고 있어서 탈출은 불가피하다. 그때 주인공 일행이 동굴에서 고지라를 발견하고 고지라 머리에 칼을 올려놓고 고지라를 깨운다 깨어난 고지라는 테러 리스트들의 기지를 파괴하고 에비라와 한판 뜬다. 그때 모스라가 돌아오고 고지라랑 협공해 에비라를 해치운다.

대책없이 어리숙한 프랭크 둘리(존 캔디)는 9년 경력의 정직하고 성실한 경찰관이지만, 거리의 뒷 골목을 순찰하던 도중 동료 경찰관의 범죄를 제지하려다가 오히려 도둑으로 몰리게 되는데...

나나하라 슈야와 나카가와 노리코가 BR 법에서 살아남은지 3년의 시간이 흘렀다. 테러의 시대로 접어든 세상에서 사람들은 BR 법을 시행한 국가에 대항하여 수도를 파괴하고, 이에 정부는 나나하라를 테러리스트의 중심 인물로 지명수배한다. 반BR법 조직인 '와일드 세븐'의 리더가 된 나나하라는 자신을 사지로 몰아넣었던 어른들을 상대로 선전포고를 하고, 정부는 다시 BR II 라는 법을 제정하여 또 다른 중학교 3학년생들에게 강제로 군복을 입힌다. BR II는 제한 시간 3일 내에 2명씩 태그 매치를 이루어 나나하라를 발견하여 죽이면 승리하는 것이다. 상대가 학생들이라는 것을 모르는 와일드 세븐은 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 되는데...