Nenapovedana poslovilna zabava profesorja Johna Oldmana postane skrivnostno zaslišanje. Po upokojitvi učenjak razkrije svojim kolegom, da ima daljšo in skrivnostnejšo zgodovino, kot si jo lahko predstavljajo.

Skozi tisočletje Tom (Hugh Jackman) išče to drevo oz. njegov dar. Nelinearna zgodba sledi Tomovi duši v treh ločenih reinkarnacijah. Vsaka hoče rešiti njegovo sorodno dušo Izzi (Rachel Weisz) z močjo Drevesa življenja.Film nam najprej predstavi Tomasa, poveljnika v službi kraljice Izabele. Da bi Španijo rešil pred inkvizicijo, dobi nalogo poiskati bajeslovno drevo in z neustrašnimi vojaki odide v skrivnostno majansko džunglo. V sedanjosti se dr. Tom Creo ukvarja z raziskavami učinkom zelišč na možganske tumorje. Ta tema ga zelo zanima, saj pri njegovi ženi Izzy odkrijejo tumor na možganih. Še posebej je zanimiva skorja neznanega drevesa s čudežnimi učinkovinami, ki deluje vsaj pri opicah. Ker ima časa zelo malo, mora Tom kljub klubovanju njegovih sočutnih, a pragmatičnih nadrejenih sodelavcev, pohiteti z raziskavami, da bi razkril skrivnost Drevesa in rešil svojo ženo.Svetlobna leta daleč Tommy prevaža Drevo v skrivnostni krogli. Prevevajo ga spomini na Izzi in na pretekla življenja.