Időszámítás után a 600-as évek elején Mohamednek látomása volt. Isten hírnökeként Gabriel arkangyal szólt hozzá, és azt mondta, hogy Mohamed lesz Isten prófétája. Mohamed pár hívő kíséretében kénytelen elhagyni Kábát. Több évi sivatagi viszontagság következik, majd Mohamed megtesz mindent azért, hogy megalapozza az iszlám vallást.
A film kerettörténete a pikareszk regények hagyományát idézi. Két "csavargó" Párizsból Compostellába indul az ősi és modern zarándokúton, amelyet a 11. század óta annyian végigjártak. Vándorlásuk közben találkoznak a múlt alakjaival és a katolikus dogmatika olyan tanaival, amelyekkel hívőként vagy nem hívőként minden embernek találkoznia kell az élete során. Velük egy időben, előttük járja végig a maga útját az evangélium Jézusa is.
Oliver Cromwell képtelen elfogadni I. Károly király valláspolitikáját, ezért elhatározza, hogy családjával együtt az Újvilágba hajózik. Az indulásuk estéjén azonban Cromwell olyan vallási és politikai szövevények láncolatába bonyolódik, amely egyenes utat jelent a polgárháborúhoz. Katonai sikereinek köszönhetően a legismertebb lovassági parancsnokok egyike lesz, és seregével, a híres Vasbordájúakkal együtt vezető szerepe van a parlamenti csapatok győzelmében. A király kivégzése után Cromwell 1653-ban átveszi a hatalmat, és Lord Protector címmel az ország államfője lesz.
A film két történetet mesél el: Az első egy dühöngő őrült sógunról szól, kinek két szenvedélye van, a kínzás és a nők. Ez 1628-ban játszódik Nagasakiban, Tokugawa sógunátusának korszakában. A második sztori, 1821. Satezo, a szerencsétlen árván felnőtt férfi, ki egy börtönben született Oszakában, az anyja criminal-boss volt, nem is csoda, hogy pénz nélkül tökrészegen szórakozik egy kupiban. De amikor fizetni kell reggel neki sem lesz pardon, egy évre takarító munkára fogják az intézményben, haját levágják, arcát kifestik nehogy a szökés eszébe jusson. Tragikus sorsának története élvezhetőbb epizódot eredményezett, jobb, mint az első részre jellemző öncélú vérfürdő.
Hit, vívódás, egyházpolitika és csodák! A Vatikán elküldi Frank atyát vizsgálódni Chicagóba, ahonnan a hívők megmagyarázhatatlan csodákat jelentettek. Mióta Helen, a templomi szolga meghalt, a kolostor udvarán lévő Szűz Mária szobor véres könnyeket hullat. Amint állítják, a könnyeknek különleges gyógyhatást tulajdonítanak. Halálos beteg kislány is meggyógyult már a szobrot érintve. Frank atyában újra kiéleződnek az ellentétek hite és a világi valóság között. Egyházi berkekben cinikussága miatt "Csodagyilkos" néven emlegetik. A helyzetet komplikálja, hogy Helen templomi munkáját átvevő lánya szerint anyja nem is volt annyira szent, ráadásul Frank atya különös vonzalmat érez a lány iránt.