Omalaatuinen keksijä on tehnyt autostaan aikakoneen. Vempainta kokeileva teinipoika joutuu 1950-luvulle, vanhempiensa nuoruuteen. Menneisyyden kulkuun ei pitäisi puuttua, mutta mikä neuvoksi, kun oma äiti ihastuu tulevaan poikaansa ja hylkää miehen, josta pitäisi tulla pojan isä?
Yksinäisen aikamatkaajan, vuodesta 2035, on ratkaistava arvoitus, joka voi pelastaa hänen kansansa – tai tuhota sen. Tappajavirus on tuhonnut maailman väestön lähes kokonaan ja eloonjääneiden on asuttava pimeissä maanalaisissa yhteiskunnissa. Cole lähtee ‘vapaaehtoisena' menneisyyteen löytääkseen puhtaan virusnäytteen, jonka avulla tiedemiehet saattavat kehittää parannuskeinon. Matkallaan hän törmää kauniiseen psykiatriin ja hullunjärkevään mielisairaaseen. Cole taistelee aikaa vastaan etsiessään 12 apinan armeijaa, tappavaan tautiin liittyvää ääriryhmää…
Aikakone perustuu H. G. Wellsin samannimiseen romaaniin (1895) ja sen tapahtumat alkavat uudenvuoden aattona 1899, kun seurue Georgen ystäviä kokoontuu illastamaan. George saapuu henkihievereissä verstaastaan ja kertoo lähes koko elokuvan kestävässä takautumassa tarinansa aikamatkasta. Kelkkaa muistuttavalla aikakoneellaan George liukuu ensin vuoteen 1917, kunnes päätyy uudelleen sodan ympäröimään maailmaan vuonna 1940. Tämän jälkeen aikakone hurahtaa tulevaisuuteen, vuoteen 1966, ja sielläkin riehuu sota - ydinsota. Täydellisestä katastrofista ihmiskunta on toipunut vasta vuonna 802701: se on kuitenkin jakaantunut kahtia, maan pinnalla eläviin elohin ja pimeydessä vaeltaviin morlokeihin. Morlokit eivät kutenkaan ole maan alle työnnettyjä työläisiä vaan riistäjiä, jotka ovat muuttaneet eloit tahdottomiksi kasveiksi. Aikakone kommentoi paratiisimyyttiä ja edistysuskoa - paratiisi näyttäytyy irvokkaana taantumuksena, josta puuttuu kehityksen edellyttämä haaste.
Kymmenen toisilleen tuntematonta ihmistä, juuttuu myrskyn keskellä syrjäiseen motelliin: limusiinikuski, 80-luvun TV-tähti, tappajaa, kuljettava poliisi, ilotyttö, vastavihitty pari ja keskellä kriisiä oleva perhe. Pikkuhiljaa heille alkaa valjeta että he ovat löytäneet kaikkea muuta kuin suojapaikan; heidän keskuudessaan on tappaja, joka murhaa matkalaisia yksi toisensa jälkeen. Myrskyn raivotessa ja kuolleitten määrän kasvaessa he ymmärtävät, ettei yksikään heistä ole ajautunut motelliin sattumalta.
Jeff Taylorin auto hajoaa hänen ja vaimonsa Amyn ollessa matkalla maan lounaisosassa. He sopivat Amyn liftaavan rekkakuskilta kyydin kaupunkiin hakemaan apua. Kun Amya ei kuulu takaisin, Jeff korjaa autonsa ja lähtee jäljittämään rekkakuskia. Kuski kertoo polisiille, ettei ole ikinä nähnyt Jeffiä tai hänen vaimoaan...
Ovikello soi. Davidiksi esittäytyvä nuori, mallimittainen herrasmies kertoo olevansa perheen pojan, Afganistanin rintamalla kuolleen Calebin paras kaveri. Vieras kutsutaan peremmälle, pian tarjotaan yösijaa. Vierailun venyessä Davidin vaikutus heijastuu perheenjäseniin hyvässä ja pahassa. Pian lähipiirissä alkaa tapahtua yllättäviä onnettomuuksia.
Banyan Keyssä, pienessä sinisten merten ympäröimässä ja salaisuuksien täyttämässä floridalaiskaupungissa, poliisipäällikkö Matt Whitlock löytää itsensä myrskyn silmästä ja on vaarassa joutua myrskyn viemäksi. Salaa tapailemansa naisen murhaa tutkiva Matt yrittää selvittää varastettujen rahojen, huumeiden ja petosten hämärää verkkoa pysytellen koko ajan muutaman askeleen omia alaisiaan edellä. Koko todistusaineisto nimittäin viittaa häneen.
Mikä on tehty, on tehty, eikä muuksi muutu. Vai miten on? Alexander Hartdegen aikoo päättäväisesti estää henkilökohtaisen tragedian, joka tapahtui neljä vuotta aikaisemmin. Hartdegen rakentaa uskomattoman koneen, joka kykenee liikuttamaan häntä läpi aikakausien.
On vuosi 2065 ja maa on hyökkäyksen kohteena. Meteoriitti tuo tullessaan miljoonia ulkoavaruuden valloittajia, jotka uhkaavat tuhota kaiken elämän maapallolta. Ihmiset pakenevat linnoitettuihin kaupunkeihin ja yrittävät puolustautua avaruuden uhkaa vastaan. Nerokas tiedenainen Aki Ross kehittää neuvokkaan suunnitelman, jonka avulla pelastaa ihmiskunta. Akilla vain ei ole paljon aikaa: muukalaiset ovat tartuttaneet häneen kuolettavan taudin. Opettajansa tohtori Sidin ja urhean kapteeni Gray Edwardsin avulla Aki kuitenkin päättää taistella katkeraan loppuun asti.
Professori John Robinson ilmoittautuu perheensä kanssa Jupiter II -alusta varten tehtävää varten. Mutta avaruusalus on myös nousemassa tohtori Smithiin, jonka vihollisjoukot lähettävät sabotoimaan operaatiota. Tämä aiheuttaa tapauksen, josta avaruusalus vaeltaa tavoitteettomasti galaksien läpi.