우주세기 0074년. 텍사스 콜로니를 떠난 에드와우 마스는 신분을 속이고, 샤아 아즈나블로서 지온 자치공화국 국방군 사관학교에 입학한다. 동기인 자비가의 막내아들 가르마 자비와 친교를 쌓는 샤아. 이윽고 두 사람은 다른 학생들로부터도 주목받는 존재가 되어갔다. 그리고 우주세기 0077년, 드디어 학생들은 독립을 위하여 지구연방군 치안기지를 향해 무장봉기한다. 하지만, 그것은 샤아의 복수를 위한 장대한 시나리오의 막을 올리는 것이었다. 지금, 역사의 수레바퀴가 돌아가기 시작한다!

200X년. 16년전의 운석충돌로 인해 세계에는 대재난이 일어났지만, 16년의 세월을 통해 조금씩 다시 부흥해가고 있었다. 그래비튼 여고에 두명의 전학생이 전학을 해온다. 한명은 굉장한 파워를 지닌 마가미 에이코(A코) 그리도 또 한명은 어린아이같은 외모와 성격을 지닌 코토부키 시이코(C코). 같은 반에 있던 성적우수한 미녀 다이도쿠지 비코(B코)는 C코가 마음에 들어 항상 A코와 함께하는 C코를 빼앗으려는 계략을 꾸민다. B코는 사실 세사람이 같은 유치원 출신이었음을 밝히고 A코에게 결투를 신청하지만, A코는 변명을 대고 결투를 회피한다. 다음날, 자신이 직접 만든 로봇을 타고 나타는 B코는 교문앞에서 A코를 기다리며 선전포고를 하고 둘의 결투가 시작되어 버린다. 같은 시각, 하늘에는 거대한 우주선이 하늘에 나타난다.

지구의 최종전쟁 후 화려한 문명이 멸망한지 몇천년이 흘렀는지 알 수 없는 미래. 인간은 '귀족'이라 불리우는 흡혈귀들의 지배를 받으며 매일매일 공포에 떨며 살아가고 있었다. 어느날 밤 목장을 경영하던 소녀 도리스는 그 지방 귀족의 습격을 받아 피를 빨리게 되고, 귀족과 결혼할 것을 강요받는다. 그러나 그곳을 지나던 뱀파이어 헌터 D가 귀족을 처치해 주겠다고 약속하는데...