Film saab alguse 1926. aastal, kui Newt Scamander (Eddie Redmayne) on just lõpetanud ülemaailmse retke, et leida ja dokumenteerida tervet hulka maagilisi elukaid. Kui ta lühikeseks peatuseks New Yorki jõuab, võiks ta sealt ühegi juhtumuseta lahkuda… kui poleks No-Majit (ameeriklaste mugu) nimega Jacob (Dan Fogler), valesse kohta sattunud maagilist olendit ja mõnede Newti fantastiliste elukate põgenemist, mis võiks tuua pahandusi nii võlumaailma kui ka No-Majide maailma.
Londoni andekaim detektiiv Sherlock Holmes ning tema ustav abiline doktor Watson pole pidanud iialgi seisma silmitsi niivõrd keeruka juhtumiga kui nüüd. Holmes, kes on lisaks enneolematult teravale taibule väga osav ka käsitsivõitluses, peab peatama süngeid saladusi varjava lord Blackwoodi, kelle poolt sepitsetud vandenõu võib hävitada kogu riigi. ”Sherlock Holmes” on tempokas seikluspõnevik, mille nimitegelaseks Arthur Conan Doyle’i poolt loodud legendaarne detektiiv.
Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.