۵۷ سال از زمانی که «اِلن ریپلی» برای اولین بار با موجودات بیگانه روبرو شده می گذرد و سفینهٔ نجات حامل وی، او را در حالت خلسه (خواب مصنوعی) در خود نگاه می‌داشت و به‌صورت سرگردان در فضا چرخان است. بر روی کرهٔ زمین هیچ‌کس داستان وی در مورد وجود آدم فضایی در سیارهٔ LV-426 را باور نمی‌کند. اداره‌ای که با نام «کمپانی» شناخته می‌شود، گروهی را مأمور می‌کند تا به LV-426 بروند و صحت این مطالب را بررسی کنند. پس از مدتی تمامی ارتباطات با گروه فرستاده‌شده قطع می‌شود و «کمپانی»، اِلن ریپلی و گروهی از سربازان بسیار حرفه‌ای را برای بررسی و نجات گروه قبلی به LV-426 می‌فرستد….
جیمز کول (ویلیس)، یک زندانی حکومتی است که در سال ۲۰۳۵ به شرطی با آزادی اش موافقت می شود که به زمان گذشته برگردد و مانع گسترش یک بیماری ویروسی شود. این بیماری باعث نابودی بیش تر مردم کره ی زمین شده و به خاطر آلودگی هوا، بازماندگان در زیرزمین زندگی می کنند.
با همسری بیمار، پدری گرفتار یک هوش مصنوعی واقعی را به خانه می‌آورد - فقط اینکه متاسفانه این کمک جدید خودآگاه، همه چیزهایی را که خانواده جدیدش ارائه می‌دهد، مانند محبت صاحبش، را می‌خواهد. و او برای به دست آوردن آن، حاضر است دست به قتل بزند.
در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.