ფილმი "დაკარგული ბავშვების ქალაქი" ჟან პიერ ჟენეს მიერ გადაღებული სამეცნიერო ფანტასტიკაა მეცნიერზე, რომელიც იტაცებს ბავშვებს და მათ ოცნებებს იპარავს.
ნიუ-იორკი, 1799 წ იჩაბოდ კრეინი, ახალგაზრდა პოლიციელი, გაგზავნილია მძინარე ჰოლოუში, რათა გამოიძიოს იდუმალი მკვლელობები. ყველა მსხვერპლი, ადგილობრივი მოსახლეობის თქმით, უთავო მხედრის მახვილით იღუპება. მათ ყველა თავმოკვეთილი აქვთ და თავები წასული. კრეინმა უნდა დარწმუნდეს, რომ ეს არ არის ლეგენდა, არამედ საშინელი სიმართლე. აშკარა ხდება, რომ მკვლელი მოდის სხვა სამყაროდან, რომ ჯადოქრები და სხვა ბოროტი სულები მონაწილეობენ დანაშაულში. ცხენოსანს ტყვიით ვერ მოკლავს, ის ბრძოლით ამარცხებს ყველა გაბედულს. მაგრამ რა არის სისასტიკის მოტივები?
ამ ისტორიის მოქმედება ვითარდება პარალელულ განზომილებაში, მთავარი გმირები – თოჯინებია, რომლებიც ცდილობენ პოსტ–აპოკალიპტურ სამყაროში გადარჩენას. მთავარი გმირის სახელია "9". ის ლიდერის თვისებებს ავლენს, რომლებიც ყველას ცოცხლად გადარჩენაში უნდა დაეხმაროს.