Podsumowanie serialu Aoki Hagane no Arpeggio: Ars Nova w tym około 40 minut nowego materiału. W 2039 roku globalne ocieplenie spowodowało wzrost poziomu oceanów i utratę dużej ilości powierzchni. W odpowiedzi na to, tajemnicza grupa okrętów wojennych zwanych, "Flotą Mgły", pojawiła się w każdym z oceanów i zaczyna atakować ludzkie statki. Mimo, że ludzkość zebrała wszystkie swoje siły, została całkowicie rozgromiona przez przytłaczającą potęgę Mgły. Wszystkie szlaki handlowe ludzkości zostały zablokowane przez Flotę Mgły, a gospodarka ekonomiczna zniszczona. Siedem lat później, okręt podwodny Floty Mgły I-401 zjawia się przed kadetem Gunzo Chihayą. Humanoidalna forma życia kontrolująca okręt, która powinna być ich wrogiem, zamiast tego oferuje swoje usługi ludzkości.
Kierowca ludzi z półświatka zostaje wplątany w porwanie córki milionera. Aby oczyścić swoje imię, musi odnaleźć prawdziwych porywaczy. Po swojej stronie ma tylko swoją partnerkę Rally. Przeciwko: bandytów i całą chicagowską policję.
Głównym bohaterem filmu ponownie jest Johnny Rico, którego znamy z pierwszej kinowej części. Został on zdegradowany i wysłany na małą stację nieopodal Marsa. Tam też trenuje swoich rekrutów aż niespodziewanie robale dokonują ataku. Rico i jego oddział muszą uratować planetę i dowiedzieć się, jakim cudem robale pojawiły się tak blisko ich domu.