Druščina se znajde v najbolj divjem kraju od vseh: v Afriki. Tam se naše živali, odrasle in vzgojene v živalskem vrtu, prvič srečajo z drugimi svoje vrste. Hitro se izkažejo razlike med betonsko džunglo in osrčjem Afrike.

Vse kaže, da je Božiček letos zgrešil smer, saj se s svojimi sanmi vred nepričakovano znajde sredi Madagaskarja. Poleg tega zaradi udarca v glavo izgubi spomin in se sploh ne zaveda, kdo je. Alex, Marty, Melman, Gloria in vedno iznajdljivi pingvini so tisti, ki morajo zdaj otrokom po vsem svetu razdeliti darila in poskrbeti, da bo tudi letošnji božični dan najsrečnejši dan za otroke. In glede na to, da bodo Božičkove sani slej ko prej pristale tudi v New Yorku, je to odlična priložnost, da se živalska druščina vrne domov.