Anno 2199. La Terra è stata trasformata in un deserto radioattivo dai pesanti bombardamenti dell`impero alieno di Gamilas. L'umanità si è rifugiata sotto la superficie terrestre, ma gli scienziati prevedono un solo anno di sopravvivenza. In questi giorni disperati ecco che dalle profondità siderali giunge un messaggio da parte della regina Starsha di Iscandar, la quale offre ai terrestri un dispositivo in grado di riportare la vita sulla Terra. Ma per recuperare il dispositivo è necessario recarsi sul pianeta Iscandar, un viaggio di 296.000 anni luce da compiere in 363 giorni affrontando l'intera flotta di Gamilas. L'ultima speranza della Terra è affidata alla corazzata spaziale Yamato e al suo giovane equipaggio.

La narrazione si incentrerà su Asuna, una misteriosa fanciulla che vive le sue giornate in solitudine, accompagnata unicamente dalla musica trasmessa da una speciale radio di cristallo. L'oggetto, a lei molto caro, le fu regalato dal padre in modo che lo potesse ricordare nel tempo. Un giorno, deciderà di intraprendere un viaggio per rincontrarsi con un ragazzo, da lì avrà inizio un'emozionante avventura. Asuna proverà nuovamente cosa voglia dire la separazione tuttavia durante il suo percorso scoprirà non solo la crudeltà ma anche le bellezza del mondo.