일본의 전국시대. 주민들은 황폐한 땅에서 어렵게 수확한 식량으로 한해 한해를 넘기는 빈촌에 살고 있다. 이 빈촌엔 보리 수확이 끝날 무렵이면 어김없이 산적들이 찾아와 모든 식량을 모조리 약탈해 간다. 싸워도 애원해도 소용이 없었다. 가만히 있을 수만은 없던 촌장의 결단으로 사무라이들을 모집하는데, 이들은 풍부한 전쟁 경험을 가진 시마다 칸베에를 포함한 7명이었다. 시마다의 지휘하에 마을은 방위태세를 갖추고 전투훈련도 시작한다. 이윽고 산적들의 공격이 시작되어 치열한 사투가 벌어진다.

수수께끼의 힘에 의해 자신이 없는 미래 세계에 버려진 긴토키는 혼란스럽고 통제불능인 에도 거리를 목격한다. 그는 그곳에서 성장한 모습의 신파치와 카구라를 만난다.

‘자토이치’는 도박과 마사지로 생계를 이어가는 맹인 방랑자. 하지만 이 남루한 행색의 사내에겐 외모와는 달리 신기에 가까운 능력이 있다. 번개처럼 빠르고 한치의 오차도 없이 상대를 찌르는, 전광석화 같은 검술이 그것! 민심이 흉흉한 어느 마을에 당도한 자토이치. 그는 도박장에서 비밀스러운 게이샤 자매를 만난다. 치명적인 미모를 지닌 ‘오키누’와 그녀의 동생 ‘오세이’는 아버지의 원수를 갚기 위해 신분을 위장한 채 주점에서 일하고 있다. 한편, 마을에 군림한 채 온갖 악행을 저지르는 ‘긴조’는 숙적들을 처단하기 위해 떠돌이 무사인 하토리’를 고용하기에 이른다. 맹인 검객, 게이샤 자매, 떠돌이 무사. 이제 이들은 결코 피할 수 없는 숙명적인 대결 앞에 서게 되는데.

전 세계에 산업혁명의 물결이 밀어닥쳐 근세에서 근대로 넘어가는 19세기~20세기 무렵, 갑자기 불사의 괴물이 나타났다. 강철 피막으로 덮인 심장을 꿰뚫지 않는 한 죽지 않고, 그에 물린 자는 같은 괴물이 되어 사람을 덮친다고 한다. 훗날 '카바네'라 불리게 되는 괴물은 폭발적으로 증식하여 전 세계를 뒤덮어 갔다. 극동의 섬나라인 히노모토(日ノ本)에서는, 카바네의 위협에 맞서 전선을 뚫고있던 두꺼운 장갑으로 덮인 장갑 증기기관차(통칭 준성(駿城))중 하나인 갑철성(甲鉄城)에서 살아남은 이코마 일행은 카바네와 인간의 공방전의 땅, 동해에 밀접해 있는 폐역 「해문(海門)」에서 현로(玄路), 호락(虎落), 해문의 주민들과 「연합군」을 결성, 카바네 격퇴의 대책을 세우고 있었다. 그런 와중, 이코마(生駒)는 해문의 카바네가 통제된 집단 행동을 하는 특징이 있음을 알게 된다. 그 사실을 연합군에 보고하는 이코마였지만, 상대되지 않고 오히려 카바네리라는 이유로 연합군으로부터 억압되고 만다. 이에 분노에 휩싸여 냉정함을 잃은 이코마는 단신으로 적진에 쳐들어갈 것을 결심한다. 한편, 무메이(無名)는 지금까지 자신을 이끌어준 이코마에게 지금까지와는 다른 감정이 싹트기 시작한다. 하지만 그곳에 이코마가 단신으로 적진에 쳐들어간다는 소식이 들려오게 되는데──. ──새롭게 시작된 카바네와의 싸움. 그리고 무메이와 이코마의 운명은!?

근미래 서기 2205년, 역사를 바꾸려는 역사수정주의자들과 역사수호자 도검남사들의 싸움이 시작된다. 1582년 혼노지의 밤, ‘아케치 미츠히데’에 의해 ‘오다 노부나가’가 암살당하는 날. 역사수정주의자들은 ‘노부나가’를 살리기 위해 시간역행군을 과거로 보내고, 수장 ‘미카즈키’와 도검남사들은 이들을 막기위해 혼노지로 출동한다. 치열한 전투 끝에 도검남사들은 임무를 완수하고 돌아오지만 얼마 지나지 않아 ‘노부나가’가 여전히 살아있음을 알게 되는데…

사카구치 타쿠는 동료들과 함께 자신을 데려가기로 한 사람이 기다리고 있는 장소로 가지만, 이들을 기다리고 있던 남자들은 보스가 오기를 기다려야 한다고만 말한다. 초조해하던 그들의 앞에 미사카 치에코라는 여자가 나타난다. 타쿠는 치에코를 본 순간 어디선가 그녀를 본듯한 느낌에 사로잡히고, 다른 남자가 그녀를 함부로 대하는 것을 보고 분노하여 그들에게 달려든다. 그러나 총을 가지고 있던 상대방에게 밀린 타쿠는 치에코와 함께 숲 속으로 도망가고, 그 곳에서 신비한 경험을 하게 된다.