Em tempos de paz os samurais não eram necessários e estavam a viver em completa miséria sem uma casa para servir. Alguns pediam para realizar o haraquíri "hara-kiri" (seppuku) dentro das residências dos nobres apenas para lhes extorquir dinheiro, mas com pena dos guerreiros os senhores davam-lhes algum dinheiro e mandavam-nos embora. Um nobre recebe um jovem samurai com esse mesmo propósito e decide obrigá-lo a tirar a sua própria vida.

No Japão, por volta do século XVIII, nove jovens decidem apresentar uma acusação de corrupção do seu clã ao superintendente local. No entanto, o grupo é traído, mas o ronin Sanjûrô Tsubaki (Toshirô Mifune), um samurai desalinhado e cínico, salva os homens do superintendente. Então o tio do líder do clã rebelde, o Chamberlain Mutsuta (Yûnosuke Itô) é sequestrado e a sua esposa e filha são detidas e feitas prisioneiras pelo superintendente que tenta forçar Mutsuta a escrever uma falsa carta de confissão declarando ser corrupto. Sanjûrô ajuda o grupo a resgatar o Chamberlain e sua família.

Durante o Japão medieval, um importante lorde falece em meio à uma decisiva guerra. Prevendo que isso pudesse acontecer, ele deixa uma ordem de que, se realmente falecesse, alguém deveria se passar por ele e, assim, evitar a queda de seu reinado. Nesse momento entra na história um pobre ladrão, sósia do grande lorde, que encontra uma situação incrivelmente mais difícil do que qualquer um poderia imaginar.

Sem compaixão e em busca de sua glória pessoal, um samurai vaga pelas aldeias espalhando morte, sangue e desprezo, até que é desafiado por um guerreiro tão hábil quanto ele.

Um garoto chamado Kotarou está sendo perseguido por uma guarda chinesa misteriosa, e foge acompanhado de seu cão Tobimaru. Kotarou segue sozinho em seu caminho até se encontrar com o espadachim Nanashi num mosteiro abandonado. Um tanto para se redimir de um passado terrível, Nanashi acaba por acompanhar Kotarou na sua viagem, protegendo-o.

Ikoma e a Fortaleza de Ferro levam o combate para os campos de batalha de Unato, unindo esforços para reclamar a região aos Kabanes.

Quando o corpo do seu pai foi roubado do túmulo, Afro (Samuel L. Jackson) retoma a sua espada novamente para destruir um exército de inimigos mortais liderados por um sádico líder. E também tendo que enfrentar a fúria de Sio (Luci Lyu), uma habilidosa guerreira que busca ressuscitar seu irmão Kuma para exterminar Afro. O personagem foi criado pelo artista de mangá Takashi Okazaki e a produção executiva da animação é do ator Samuel L. Jackson, que também faz a voz do personagem principal. A atriz Lucy Liu atuará dessa vez como a vilã, chamada Sio, descrita como "uma sádica e sedutora mente do mal que trama destruir o Afro Samurai". Ainda fazem parte do elenco de vozes nomes como Mark Hamill e Yuri Lowenthal. A história mostra um samurai negro que luta para vingar a morte de seu pai, em um mundo onde a tecnologia e o duelo de espadas coexistem.

Há séculos o clã branco Genji, liderado por Yoshitsune, e o clã vermelho Heike, liderado por Kiyomori, batalham por um lendário tesouro enterrado em uma remota montanha. Esta guerra permanente acabou por esvaziar o lugar, que é praticamente habitado apenas pelos remanescentes dos grupos. Um dia, um estranho sem nome, taciturno e solitário, chega à cidade. Suas habilidades com a arma são impressionantes e seus tiros, certeiros. Os dois clãs fazem de tudo para cooptá-lo para o seu lado da guerra. Mas o forasteiro tem motivos bem mais profundos para estar naquele lugar.