Eletään rauhan aikaa vuonna 1725. Ikääntyvä samurai Isaburo saa käskyn naittaa vanhemman poikansa klaanin johtajan rakastajattaren kanssa. Isaburo ei ole tästä mielissään ja haluaa kieltäytyä, mutta hänen poikansa Yogoro hyväksyy kuin hyväksyykin johtahan rakastajatar Ichin vaimokseen. Kun johtajan ensimmäinen perijä yllättäen kuolee hän määrää ex-rakastajattarensa palaamaan takaisin luokseen. Isaburon perhe kuitenkin kieltäytyy tästä ja heidät määrätään tapettavaksi. Isaburo päättää paljastaa klaanin julmuudet ja ryhtyy taisteluun perheesä oikeuksien puolesta.
Erakkona Alaskassa elävä Logan on paennut tekniikan täyttämästä X-Men -maailmasta, surmattuaan elämänsä rakkauden Jean Greyn. Luolassa majaileva mies synkistelee omissa ajatuksissaan, radion soittaessa enteilevästi Mozartin Requiemia - onko Loganista enää kantamaan Wolverinen sankarin nimeä? Wolverinen sielun ytimessä on aina ollut kipinä, kaipuu tavanomaiseen elämään. Tätä ei ole miehelle suotu, eikä menneisyys jätä häntä nytkään rauhaan. Wolverine saa kutsun matkustaa Japaniin hyvästelemään vanhan kuolevan ystävänsä - Yashidan, jonka hengen Logan on pelastanut aikanaan Nagasakin pommituksessa. Yashida on kiivennyt liikemaailman huipulle eikä kaadu taistelematta; suurta valtaa nauttiva mies haluaa Loganilta jotain, jota tämä ei ole valmis antamaan. Yakuzan ja ninjaklaanin ohella Wolverine saa vastaansa myös mutanttipahikset Silver Samurain ja myrkyllisen luonteen omaavan Viperin. Kaiken keskellä Wolverine joutuu käymään sisäisen kamppailun omaa kuolevaisuuttaan vastaan.