Gintoki, Shinpachi e Kagura sono stati assoldati per impedire ad un misterioso automa di registrare illegalmente dei film in un cinema. Gintoki, però, viene trasportato cinque anni nel futuro dal robot in questione, che si rivela essere una macchina del tempo costruita da Gengai. In questo futuro, Gintoki è morto e il pianeta è funestato da una misteriosa malattia chiamata "Peste Bianca".

Due giovani, Gennosuke (di Koga) e la bella Oboro (di Iga), si incontrano casualmente e si innamorano, le loro famiglie sono però divise da una faida secolare. Con l'annullamento del patto di non belligeranza da parte dello shogun, ha inizio una guerra all'ultimo sangue tra i potenti clan ninja degli Iga e dei Koga.

Un samurai che era temuto dalla gente ora è povero e vive da solo e tranquillamente. Per caso, viene ingaggiato per uccidere un adorabile gatto bianco.