Нарэшце вынайдзена машына, якая дазваляе пазбавіцца ад любых успамінаў. Джоэль і Клементына вырашаюць выкінуць адзін аднаго з галавы. Але ў памяці Джоэля ўсё яшчэ жывыя самыя пяшчотныя моманты іхніх пачуццяў. Чым менш ён памятае, тым больш кахае. Разумеючы, што ён вельмі кахае Клементыну, Джоэль спрабуе знайсці спосаб, каб вярнуць каханай памяць пра мінулае. Пакуль яшчэ не вельмі позна... Ён павінен перамагчы ненавісны кампутарны мозг што б там ні здарылася!
У 2035 годзе асуджаны Джэймс Коўл неахвотна добраахвотна адпраўляецца ў мінулае, каб даведацца пра паходжанне смяротнага віруса, які знішчыў амаль усё насельніцтва Зямлі і прымусіў тых, хто выжыў, перасяліцца ў падземныя суполкі. Але калі Коўла памылкова адпраўляюць у 1990 год, а не ў 1996 год, яго арыштоўваюць і заключаюць у псіхіятрычны шпіталь. Там ён сустракае псіхіятра доктара Кэтрын Рэйлі і пацыента Джэфры Гойнса, сына вядомага эксперта па вірусах, які можа трымаць ключ да таямнічай групоўкі ізгояў, Арміі 12 малпаў, якая лічыцца адказнай за развязванне смяротнай хваробы.