Ένας παραμορφωμένος, ιδιοφυής, αλλά και ημιπαράφρων μουσικός, που ζει κρυμμένος στις κατακόμβες κάτω από την Όπερα των Παρισίων, είναι ο μέντορας της Κριστίν, μιας ανερχόμενης σοπράνο. Όταν εκείνη ερωτεύεται έναν αριστοκράτη, το Φάντασμα ξεσπά ζηλόφθονα επάνω της, αλλά και στο κοινό και τους καλλιτέχνες της Όπερας.
Στην Αίγυπτο, αιώνες πριν, ο Φαραώ Σέτι διέταξε να πνιγούν όλα τα αρσενικά μωρά των εβραίων. Μια απελπισμένη μητέρα βάζει το δικό της μωρό σε ένα καλάθι και το αφήνει στο ποτάμι για να αποφασίσει ο Θεός τι θα απογίνει. Το καλάθι το βρίσκει η βασίλισσα και φέρνει το μικρό Μωυσή σαν αδερφό στο γιο της και διάδοχο του θρόνου, Ραμσή. Τα δυο αγόρια μεγαλώνουν μαζί αρμονικά μέχρι τη στιγμή που ανακαλύπτεται η πραγματική ταυτότητα του Μωυσή και η αποστολή του να οδηγήσει τους ανθρώπους του στη Γη της Επαγγελίας.
Αφότου μετακόμισε σε μια γειτονιά Αφροαμερικανών, μια επίδοξη μπαλαρίνα ερωτεύεται έναν συμμαθητή της διαφορετικής φυλής, που μοιράζεται την αγάπη της για το χορό.