A principios de los años treinta el ejército japonés emprendió, en nombre del Emperador, una guerra de conquista en Asia. Desde entonces el Japón derrotado analiza su historia y ha tenido que afrontar su pasado militarista. ¿Cómo ha estado vinculado el Emperador a la historia del Japón de la posguerra? ¿A qué fantasmas del pasado se enfrentan los japoneses hoy en día? Basado en archivos raros y entrevistas inéditas, este documental rastrea la historia secreta del Japón de posguerra.

Sachie abre el restaurante Kamome en Helsinki. La especialidad del menú son bolas de arroz onigiri. Sin embargo, su único cliente es Tommi, un finlandés obsesionado por el anime Gatchaman. Un día dos chicas japonesas llegan para ayudar a Sachie. El número de clientes se incrementa gradualmente, pero parece ser que el restaurante solo atrae gente con problemas, a quienes las conversaciones con Sachie y sus sabrosos platos les servirán de ayuda.

Kaneko Teppei es un joven japonés normal y corriente. Trabaja a tiempo parcial, hace vida en Tokyo e intenta descubrir qué le espera en la vida. Finalmente, tras armarse de valor para ir a su primera entrevista de trabajo, es acusado por una joven colegiala de haberla manoseado en el metro. Él proclama su inocencia desesperadamente, pero a la policía sólo le interesa forzarle a hacer una confesión falsa, pagar una multa y cerrar rápidamente el caso. Antes de que se dé cuenta de lo que está pasando, su persistencia en afirmar su inocencia le sumirá en una odisea kafkiana de burocracia judicial.

Una muñeca hinchable de tamaño natural vive en un modesto piso de Tokio. Es la única compañía de su solitario amo, un hombre de mediana edad. Él le habla, la baña y le hace el amor cada día cuando vuelve del trabajo. Sin embargo, esta rutina se rompe cuando, de repente, la Muñeca Hinchable cobra vida y con ella un alma. Acaba de nacer y no entiende lo que ocurre a su alrededor, aunque se da cuenta de que existe otro mundo más allá de las paredes del piso. Cuando, por fin, se atreve a salir al mundo exterior, se siente fascinada por todo lo que ve. Conoce a mucha gente, pero nadie es capaz de explicarle qué significa "estar viva". Un día, entra en un videoclub y conoce a Junichi, el vendedor, del que se enamora inmediatamente...

Año 2009, Seúl es la tercera ciudad más importante de Japón. Masayuki Sakamoto se ha convertido en policía, como su padre. Ha olvidado su herencia como coreano, comparte una estrecha amistad con su compañero Saigo y ha jurado lealtad al imperio japonés. Mientras, una minoría de coreanos ha creado una organización de resistencia clandestina llamada 'Hurei-Sen-Jin' (Confederación de Liberación de Corea) para luchar contra Japón. Las autoridades sospechan que hay una enorme conspiración detrás de las actividades de la organización y asignan el caso a Sakamoto y a Saigo. De este modo, Sakamoto se encuentra con Oh Hae-rin, una mujer coreana a la que ha visto en sus sueños. Totalmente confundido por la serie de eventos con los que se va encontrando, Sakamoto se enfrentará a una increíble verdad histórica de la que nunca tuvo conocimiento.

Durante la Segunda Guerra Chino-Japonesa y la Segunda Guerra Mundial, los japoneses ocuparon durante diez años el noroeste de China. Allí establecieron un campo de concentración japonés, donde numerosos prisioneros chinos fueron brutalmente asesinados durante el proceso de creación de diferentes formas de ataques bacteriológicos. Los hombres que trabajaron en ese proyecto fueron bautizados con el nombre de "Escuadrón 731", quienes investigaron en el campo de la guerra química y bacteriológica con el fin de lograr nuevas armas para el frente. También llevaron a cabo aberrantes experimentos de vivisección. Esta película es la historia de todas esas muertes y torturas en nombre de la ciencia.

Katsuhiro Ôtomo, famoso por sus filmes de animación (en especial "Akira"), dirige ahora una película de ciencia ficción, basada en un manga de Yuki Urushibara, que trata sobre Ginko, un joven maestro sanador que usa una extrañas forma de vida en sus curaciones. Los "mushi" son una suerte de espíritus parasitarios que flotan por todas partes sin ser vistos, y que afectan a los humanos de muy diversas maneras. Son algo así como "El fantasmal espíritu de la naturaleza que respira dentro de todo ser vivo... y muerto". Ginko, que puede verlos, se ha convertido en "mushishi", un experto en tales criaturas que ejerce como sanador.

En el año 2014, Japón sufre un colapso económico mayor y los habitantes se ven obligados a emigrar a la cercana China continental. Tres niños están viviendo en una ciudad China llamada Mallepa. Los tres chicos, uno llamado Sho, otro Shinji y Toshi sobreviven por medio de pequeños robos. En un robo que salio mal, Sho encuentra a Kei, un hombre que parece ser joven pero, en realidad es un vampiro. Varios años más tarde, Sho ya tiene 20 años, entra al equipo de robo junto con Kei y Toshi. En uno de esos robos, lo hicieron en contra de una banda criminal, donde luego aparece un taiwanés llamado Son. Son ataca a la banda porque el líder violó a su hermana, Yi-Che.