کِی کورونو هنگام مبارزه با هیولاها و نجات دادن هم تیمی خود ریکا، به سختی مجروح می‌شود و پس از کشتن رهبر هیولاها قبل از بازگشت به اتاق گانتز می‌میرد. ریکا همراه با هم‌تیمی‌های بازمانده به پایگاه خود دورنوردی می‌کنند. در همین هنگام، ماسارو کاتو در ایستگاه مترو، هنگام دفاع دربرابر فردی چاقوکش جان می‌دهد و به اتاق گانتز منتقل می‌شود. به جز کاتو، افراد دیگری به نام‌های سوزوکی یوشیکازو، جوئیچیرو نیشی، یک مرد میانسال، یک نوجوان و یک مرد ناشناس و عصبانی در اتاق حضور داشتند. سوزوکی توضیح می‌دهد که همه آنها هم مانند کاتو مرده‌اند و بعد در اتاق بیدار شده‌اند، و برای زنده ماندن و بازگشت به زندگی عادی خود باید با هیولاها و موجودات خطرناک مبارزه کنند. سپس گانتز آنها را به نقطه‌ای از اوساکا منتقل می‌کند تا مبارزه خود را شروع کنند…
یک نوع بیماری وارد زمین شده و کودکان به آن مبتلا شدند در این حین افرادی کودکان را جمع‌آوری می‌کنند و به آنان میگویند که می‌توانند بیماری زخم کیهانی را درمان کنند و سپس آنان را به چشمه‌ای می‌برند و به همه میگویند از آبی که خاصیت طلسم کردن را دارد بنوشند تا آنان را سربازان خویش کنند. در این حین شخصیتی به نام کلود که خود را مسئول این اتفاق می‌داند برای نجات کودکان به دنبال آنان می‌گردد تا آنان را نجات دهد و ...
بسیاری از مهندسان از سراسر جهان در تاسیسات دریایی اینترپل در سواحل مرکزی استان توکیو دور هم جمع شده‌اند تا شاهد راه‌اندازی یک سیستم جدید باشند که امکان تشخیص چهره در سراسر جهان را فراهم می‌کند. در این میان کارآگاه کونان نیز به همراه دوستانش دعوت شده تا از نهنگ‌ها‌ی این جزیره دیدن کند اما…