ג'פטו, בעל חנות צעצועים קטנה, יוצר בובה-על-חוט העשויה מעץ, הנקראת פינוקיו. משאלת לבו של ג'פטו היא שפינוקיו יהיה ילד אמיתי. משאלתו אכן מתגשמת כשפיה טובה שומעת את משאלתו, אך אינה הופכת את פינוקיו לילד אמיתי אלא מקימה אותו לתחייה. הפיה ממנה את ג'ימיני הצרצר כמצפונו של פינוקיו, ושישמור עליו מכול רע, אך ג'ימיני מתקשה במשימתו.
1914: מילו טאצ', נכדו של העובד הגדול, ת'אדיאוס טאצ' העובד בחדר הדוד-חימום במוזיאון. הוא יודע שאטלנטיס היה אמיתי, והוא יכול להגיע לשם אם היה בידו העיתון המסתורי של שפארדס, שיכול להדריך אותו לאטלנטיס. אבל הוא צריך מישהו שיממן את המסע. המעסיק שלו חושב שהוא שוטה, ומסרב לממן כל רעיון מטורף שלו. הוא חוזר הבייתה לדירתו ומוצא אישה שם. היא לוקחת אותו לפרסטון ב. וויטמור, חבר וותיק של סבו. הוא נותן לו את העיתון של שפארדס, צוללת וצוות 5 כוכבים. הם נוסעים דרך ההאוקיינוס האטלנטי, מתייצבים מול לובסטר גדול הבא לבקר את הליוויתן, ולבסוף מגיע לאטלנטיס. אבל האם לצוות האטלנטיס יש תשוקה לגילוי, או משהו אחר?
נטלי (דיאז) וג'ורג' (קייטל) נמצאים בחופשה בבית הוריה של נטלי, על אי מבודד. את מהלך החופשה מסבך חבר שלהם שהצטרף אליהם, מאהב לשעבר של נטלי, וגופה שמופיעה באופן לא מתוכנן. קומדיה רבת תהפוכות, מים ומשחק מושך של דיאז וקייטל.