어느 날 진구는 돌아가신 할머니와의 추억이 담긴 낡은 곰 인형을 발견하고 할머니가 보고 싶은 마음에 도라에몽의 4차원 비밀도구 타임머신을 타고 과거로 향한다. 느닷없이 찾아온 소년을 금세 진구라고 믿어주시는 할머니는 한 가지 소원을 말씀하시는데…

바이러스에 침투된 사람들이 괴물로 변하여 다른 사람들을 공격하여 계속 바이러스를 퍼트리게 되는 사건이 공항에서 발생하게 되는데, 라쿤시티에서 유일하게 살아남은 안젤라에게 바이러스에 오염된 안제랄의 오빠 커티스가 원인을 알려주게 된다. 결국 T바이러스를 이용한 테러범의 소행으로 밝혀진다.

도시의 컨트롤에 대한 액세스 권한을 잃은 인류는 방어 시스템 '세이프 가드'에 의해 말살당하는 존재로 전락해 버렸다. 도시의 구석에서 간신히 살아남아 있던 "전기어사"인 마을 사람들도 세이프 가드의 위협과 만성적인 식량 부족으로 인해 멸종 위기 위기에 처해 버린다. 이러한 위기에 마을 소녀 '츠루하'는 마을을 구하려고 음식을 찾아 나서지만, 순식간에 '감시탑'에서 보내진 세이프 가드의 무리에게 습격 당한다.동료가 살해당하고 퇴로가 끊어졌던 그 때 나타난 것은 "이 세상을 정상화하는 열쇠"라고 하는 '넷 단말 유전자'을 찾는 탐색자 '키리이'였다.

전설의 보물이 감춰져 있다는 산골마을의 라이벌 부족인 겐지와 헤이케. 두 부족 간의 충돌로 바람 잘 날 없는 마을에 외로운 총잡이가 나타나고, 뛰어난 그의 총 솜씨에 두 부족의 리더들은 그를 자기편으로 끌어들이려 한다.