Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
L'histoire débute à Paris, après la « Troisième Guerre mondiale » et la destruction nucléaire de toute la surface de la Terre. Le héros est le cobaye de scientifiques qui cherchent à rétablir un corridor temporel afin de permettre aux hommes du futur de transporter des vivres, des médicaments et des sources d'énergies : « D'appeler le passé et l'avenir au secours du présent ». Il a été choisi en raison de sa très bonne mémoire visuelle : il garde une image très forte et présente d'un événement vécu pendant son enfance, lors d'une promenade avec sa mère sur la jetée de l'aéroport d'Orly.
New York, XXIIIème siècle. Une boule de feu fonce sur la Terre. Pour l'arrêter il faut retrouver le Cinquième Élément, l'être suprême, qui associé aux quatre éléments vitaux - l'air, l'eau, le feu et la terre - peut seul repousser Le Mal. Cornélius reçoit l'aide de Korben, taxi et ancien agent secret, et de Leeloo, extraterrestre qui a pris la forme d'une jeune femme aux cheveux oranges.
Tout commence sur un balcon où un homme aiguise un rasoir… La suite est une série de métamorphoses surréalistes. Un homme sectionne l’œil d'une jeune fille. Un nuage passe devant la lune. Huit ans après. Un cycliste tombe accidenté dans la rue. La jeune fille lui porte secours et l'embrasse…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…
De plus en plus souvent, la petite Sharon rêve d'une ville abandonnée, Silent Hill. Sa mère, Rose, décidée à comprendre l'étrange mal dont souffre son enfant, décide de l'accompagner sur place. Alors qu'elles pénètrent dans cet univers lugubre, Sharon disparaît. Rose se lance à sa poursuite, mais se rend vite compte que ce lieu étrange ne ressemble à rien de normal. Noyée dans le brouillard, peuplée d'étranges créatures, hantée par des ténèbres vivantes qui dévorent littéralement tout ce qu'elles touchent, cette dimension va peu à peu livrer ses terrifiants secrets... Avec l'aide de Cybil, de la police locale, Rose se jette dans une quête éperdue pour arracher sa fille au monde de Silent Hill. D'indices en épreuves, elle va découvrir tout ce que Sharon risque et ce qu'elle représente dans une malédiction qui dépasse tout...
Lorsque le major de théâtre Leah, ramène à la maison la personne spéciale dans sa vie à rencontrer sa mère, Julie, la famille est surprise par une surprise lorsque Pearl vient à la porte. Julie essaie d'embrasser l'idée du nouvel amour de Leah, mais elle ne peut pas ébranler le sentiment que quelque chose ne va pas. Les soupçons de Julie mènent à une découverte surprenante à propos de Pearl qui met Leah en grave danger. Julie pourra-t-elle sauver sa fille d'une éternité de chagrin avant qu'il ne soit trop tard ?