Какво е Матрицата? Имали ли сте някога сън, който е бил наистина реален? Какво ще стане, ако не може да се събудите от такъв сън? Как бихте могли да направите разликата между сън и реалност? Когато красива непозната отвежда компютърния хакер Нео до забранения подземен свят, той открива шокиращата истина - животът, който познава, е сложна измама на зъл изкуствен интелект. Нео се присъединява към легендарния и опасен бунтовник Морфей в битка да унищожи илюзията, която владее човечеството. Сега, всеки ход, всяка секунда, всяка мисъл се превръща в борба а оцеляване. И борба да избяга от "Матрицата".
Годината е 2019-та. Светът се възстановява от третата световна война. Улиците на Токио са се превърнали в бойно поле между власти и бунтовници. Канеда е водач на група мотористи, а Тецуо – един от членовете. По време на поредната си вандалщина, Тецуо среща момче-беглец с невероятни психически умения. Но то бива заловено, а Тецуо – замесен в таен военен план, наречен „Акира”. Той получава свръх-естествени сили, с които заплашва да разруши нестабилното равновесие. А междувременно Канеда всячески се опитва да го спаси.
Новото хилядолетие поставя човечеството лице в лице с най-страшния враг - интелигентна раса от извънземни буболечки, някои високи 10 метра, други с криле, способни да унищожат всичко живо на Земята. Целта им е да унищожат напълно хората. Те унищожават родния град на Джони - Буенос Айрес. Ужасен, той решава да се бие с насекомите до пълното им изтребване. Той се обучава в елитна пехотна дивизия, а красивата му приятелка Кармен става военен пилот, но се увлича по своя привлекателен инструктор. Пехотата е мобилизирана и изпратена в битка с буболечките на планетата Клендату. В последвалата касапница загиват над 100 000 бойци.
Нео вече разполага с по-голям контрол върху свръхестествените си сили, след като Зион пада под обсадата на Армията на Машините. Само часове делят последният човешки анклав на Земята от 250,000 стражи, програмирани да унищожат човечеството. Но за гражданите на Зион, насърчавани от обещанието на Морфей, че Един ще изпълни Пророчеството на Оракула и ще донесе победа във войната с Машините, всички надежди и очаквания са съсредоточени в Нео. А той се сблъсква с объркващи видения, докато търси посоката, в която да действа.
Нео е впримчен в ничията земя между Матрицата и Света на машините. Докато Тринити бди над тялото му, Морфей се бори с разкритието, че Избраният е просто още една система за контрол, изобретена от архитектите на Матрицата.
Към Земята се приближава огромен обект, който назовава себе си „Виджър“. Космическият кораб „USS Ентърпрайз NCC-1701“ е единствения кораб, който може да настигне навреме странния обект. Мисията е възложена на адмирал Джеймс Т. Кърк, който взима със себе си и стария си екипаж.