Η πλοκή της ταινίας τοποθετείται χρονικά στο 1995, έντεκα χρόνια μετά τα γεγονότα της πρώτης ταινίας. Ο Τζον Κόνορ, σε ηλικία έντεκα ετών, ζει με τους κηδεμόνες του στο Λος Άντζελες. Η μητέρα του Σάρα Κόνορ, προετοίμαζε τον Τζον ώστε να εκπληρώσει το μελλοντικό του καθήκον. Συνελήφθη ωστόσο, μετά από απόπειρά της να βομβαρδίσει ένα εργοστάσιο με υπολογιστές και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε ψυχιατρική κλινική. Μετά την πρώτη, ανεπιτυχή απόπειρα του υπερυπολογιστή Skynet να εξοντώσει την Σάρα Κόνορ, στέλνει πίσω στο χρόνο έναν νέο, ακόμα πιο εξελιγμένο, σάιμποργκ εξολοθρευτή, τύπου Τ-1000, προκειμένου να εξοντώσει αυτήν τη φορά, τον ίδιο τον Τζον Κόνορ. Παράλληλα, ο μελλοντικός Τζον Κόνορ, στέλνει έναν επαναπρογραμματισμένο εξολοθρευτή τύπου Τ-800, όμοιο με αυτόν που καταδίωκε την Σάρα Κόνορ στην πρώτη ταινία, αυτήν την φορά για να προστατεύσει τον ίδιο (ακόμη σε νεαρή ηλικία) και την μητέρα του.
Κάπου στο μακρινό μέλλον, ο ιδιοκτήτης μιας πολυκατοικίας, χασάπης στο επάγγελμα, προμηθεύει τους γείτονές του με κρέας... ανθρώπινο, αφού πρώτα έχει κομματιάσει όλους τους υποψήφιους για τη θέση βοηθού στο μαγαζί του. Η κόρη του ερωτεύεται τρελά τον Λουίσον έναν από τους υποψήφιους για τη θέση και προσπαθεί με κάθε τρόπο να τον προστατέψει από τις περίεργες διαθέσεις του πατέρα της. Όταν όμως αυτός μαθαίνει σε τι κίνδυνο βρίσκεται παίρνει την κοπέλα και το σκάει, μαζί με μια ομάδα φανατικών χορτοφάγων, για το άγνωστο...
Ο Ρόμπερτ Νέβιλ είναι ένας λαμπρός επιστήμονας, όμως δεν καταφέρνει να περιορίσει ένα θανατηφόρο ιό, για τον οποίο δεν έχει βρεθεί θεραπεία και απ΄ότι φαίνεται έχει φτιαχτεί από ανθρώπινο χέρι. Ο Νέβιλ, που για ένα περίεργο λόγο δεν έχει μολυνθεί τον ιό, είναι ο τελευταίος επιζών στη Νέα Υόρκη και ίσως και στον κόσμο. Για τρία χρόνια, ο Νέβιλ στέλνει συνεχώς ραδιοφωνικά μηνύματα, προσπαθώντας να βρει άλλους επιζώντες. Όμως, δεν είναι μόνος…Μεταλλαγμένα θύματα της επιδημίας, παραμονεύουν στο σκοτάδι, παρακολουθώντας κάθε κίνηση του Νέβιλ και περιμένοντάς τον να κάνει το μοιραίο λάθος. Ίσως η τελευταία ελπίδα της ανθρωπότητας, ο Νέβιλ προσπαθεί να βρει τρόπο να καταστρέψει τον ιό χρησιμοποιώντας το δικό του αμόλυντο αίμα. Αλλά ξέρει ότι μπορεί να μην τα καταφέρει και ο χρόνος τελειώνει…
1988, η Νέα Υόρκη έχει μετατραπεί σε μια τεράστια φυλακή, όπου οι εγκληματίες αφήνονται να επιβιώσουν με όποιο τρόπο μπορούν. 1997, ο πρόεδρος των ΗΠΑ, μετά από μια αεροπειρατεία στο προεδρικό αεροσκάφος, καταλήγει αιχμάλωτος στην Νέα Υόρκη. Σε έναν νεοεισαχθέντα κατάδικο, προσφέρεται αμνηστία με την προϋπόθεση να τον σώσει εντός 24ώρου.
Τη μελλοντική αυτή εποχή, κυριαρχεί ένα δημοφιλές τηλεοπτικό παιχνίδι, στο οποίο καλούνται να λάβουν μέρος όλοι οι εγκληματίες, με τίμημα την ελευθερία ή το θάνατο - ένα παιχνίδι βίαιο και σκληρό, που χωρίζει τους συμμετέχοντες σε κυνηγούς και κυνηγημένους. Ο `Αρνολντ Σβαρτζενέγκερ υποδύεται έναν τέτοιο κατάδικο, που παίρνει μέρος στο παιχνίδι ως κυνηγημένος. Ντυμένος με ελάχιστα ρούχα και εφοδιασμένος με περίεργα όπλα, ο μυώδης σταρ του Χόλιγουντ μοιάζει με αρχαίο Ρωμαίο μονομάχο, που αγωνίζεται να σώσει τη ζωή του, καταδιωκόμενος από άσπλαγχνους διώκτες.
Χρόνια μετά την καταστροφή του Raccoon City η Άλις βρίσκεται μόνη της καθώς έχει αντιληφθεί πλήρως ότι θέτει σε κίνδυνο την ζωή οποιουδήποτε βρίσκεται γύρω της. Μόνη της αγωνίζεται να επιβιώσει και να κατατροπώσει την Umbrella Corporation της οποίας ηγείται ο σατανικός Άμπερτ. Στο μεταξύ διασχίζοντας τη Νεβάδα και τα συντρίμμια του Λας Βέγκας, οι νέοι επιζήσαντες πρέπει να αντιμετωπίσουν ορδές από ζόμπι και κοράκια - δολοφόνους καθώς και άλλα τρομακτικά πλάσματα, αποτελέσματα του θανατηφόρου ιού Τ που σκότωσε εκατομμύρια.
Με την κατάχρηση τον φυσικών πόρων ή με τη συνεχή καταστροφή της φύσης κάποια στιγμή στο μέλλον η γη θα μας εγκαταλείψει. Ποια θα είναι όμως η σωτήρια μας; Η επιστήμη ή η πίστη μας; Η ταινία αυτή, που περιμέναμε με τόση ανυπομονησία, ήρθε να δώσει μια εντελώς διαφορετική και -όπως φαίνεται από τον τίτλο της- αναπάντεχη διάσταση σε αυτά τα ερωτήματα. Λίγα λόγια όμως για την ιστορία της. Στο μέλλον η γη είναι κατεστραμμένη και η φύση εντελώς νεκρή μετά την πτώση ενός μετεωρίτη. Ο μετεωρίτης αυτός όμως περιείχε και κάποια όντα τα οποία άρχισαν να επιτίθενται σε όσους κάτοικους είχαν επιζήσει. Μια ομάδα επιστημόνων έχει βρει τρόπο αντιμετώπισης αυτών των εξωγήινων με έναν παράδοξο τρόπο. Πάντρεψαν την επιστήμη με την πίστη στις υπερφυσικές δυνάμεις. Αυτό όμως τους φέρνει σε σύγκρουση με τους στρατιωτικούς και πολιτικούς παράγοντες οι οποίοι θέλουν να απαλλαγούν όσο το δυνατόν πιο γρήγορα από αυτή την απειλή.
Έτος 2018: η Ημέρα της Κρίσης είναι πια παρελθόν και ο στρατός των Εξολοθρευτών, καθοδηγούμενος από το δίκτυο Skynet, έχει τον πλήρη έλεγχο, σκοτώνοντας ή συλλαμβάνοντας ανθρώπους από τις ερημωμένες πολιτείες. Ο μοναδικός άνθρωπος που πίστευε στη Ημέρα της Κρίσης, ο Τζον Κόνορ (Κρίστιαν Μπέιλ), καλείται να αναλάβει τις ευθύνες του για τη σωτηρία του ανθρώπινου γένους. Κι ενώ μέχρι τώρα είχε ελπίδες ότι η ανθρωπότητα μπορεί να κερδίσει τον πόλεμο, ένα νέο στοιχείο κλονίζει την πίστη του: ένας άγνωστος από το παρελθόν, ο Μάρκους Ράιτ (Σαμ Γουόρθινγκτον), εμφανίζεται ξαφνικά, με μοναδική τελευταία ανάμνηση τη θανατική του καταδίκη. Ο Κόνορ θα πρέπει να αποφασίσει αν μπορεί να εμπιστευτεί τον Μάρκους. Αλλά καθώς το Skynet εφαρμόζει νέες μεθόδους για να κατατροπώσει την Αντίσταση, ο Κόνορ και ο Μάρκους θα πρέπει να υιοθετήσουν μια κοινή στάση για να εισχωρήσουν στο δίκτυο και να αντιμετωπίσουν κατά πρόσωπο τον εχθρό.
Μετά την κατάρρευση του ανθρώπινου πολιτισμού, μια κοινότητα νοημόνων πιθήκων με αρχηγό τον Σήζαρ, ζει αρμονικά μαζί με μια ομάδα ανθρώπων. Ο Άλντο, ένας γορίλας στρατηγός, προσπαθεί να προκαλέσει εμφύλιο πόλεμο ανάμεσα στους πιθήκους ώστε να ανέλθει στην εξουσία στη θέση του Σήζαρ. Στο μεταξύ, μια ομάδα μεταλλαγμένων ανθρώπων που επέζησαν κάτω από μια κατεστραμμένη πόλη, προετοιμάζεται για να επιτεθεί στους πιθήκους, τους οποίους θεωρούν εχθρούς της ανθρωπότητας.
Δύο αδέλφια έχουν το ήμισυ ενός ισχυρού αρχαίου κινεζικού φυλαχτού. Ένας κακός αρχηγός μιας συμμορίας έχει το άλλο μισό, και είναι αποφασισμένος να πάρει το μισό των αδελφών και έτσι να μπορεί να αποκτήσει απόλυτη εξουσία.
Το έτος 3000 μ.Χ. κι ενώ η Γη έχει κατακτηθεί από τους εξωγήινους Σάικλος, ένας νεαρός που συνειδητοποιεί σταδιακά τα ιδανικά της ελευθερίας, ηγείται της εξέγερσης ενάντια στους κατακτητές και το σαδιστή αρχηγό ασφαλείας Τερλ.