1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...

Dave Drayton vive con la moglie e il figlioletto Billy in una casa fuori città. Subito dopo una tempesta particolarmente violenta inizia a diffondersi una nebbia che non sembra avere ragioni meteorologiche. Insieme al vicino di casa Brent Norton (col quale non ha buoni rapporti) e a Billy Dave si dirige con il suo fuoristrada verso il supermercato locale. Lungo il percorso incontrano mezzi militari che si dirigono verso la nebbia. Brent fa allora riferimento a un misterioso Progetto. Ben presto tutti gli occupanti del supermercato si troveranno avvolti dalla nebbia all'interno della quale si muovono creature mostruose. L'incubo ha inizio.

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

Nell'Europa della guerra fredda, il fisico americano Armstrong va a Copenhagen per un congresso internazionale. Qui, tra l'incredulità di tutti e la costernazione della fidanzata, annuncia di voler passare a lavorare con gli scienziati d'oltre cortina. L'incredibile voltafaccia nasconde però ben altro: Armstrong infatti vuole intrufolarsi nei santuari nucleari dell'Est per carpirne i segreti a vantaggio degli USA.

Anni Sessanta. Un sottomarino sovietico di nuova produzione viene inviato a sperimentare il lancio di una testata nucleare. Il natante ha qualche problema di costruzione e l'equipaggio non è dei più preparati. È per questo che il timone viene affidato a un comandante inviato da Mosca (Ford) che fa passare al ruolo di comandante in seconda il precedente responsabile (Neeson). I due hanno diverse concezioni del dovere e il conflitto esplode quando si verifica una perdita nel nucleo radioattivo che fa da propulsore al mezzo.

Una specie di ragni molto velenosi, importata erroneamente dal Venezuela, prolificherà molto rapidamente e si insinuerà in una tranquilla casa di provincia. Gli inquilini, insieme a tutta la cittadina, sono ignari di ciò che li aspetta...

Un mostro di enormi dimensioni, Katango, emerge dalle acque delle coste giapponesi con l'obbiettivo di distruggere Tokyo. L'esercito impegna tutte le sue forze per abbatterlo, ma anche i più moderni mezzi non hanno effetto: il mostro ha la capacità di rigenerarsi. Quando tutto sembra perduto, un'altra creatura, uguale a Katango tranne che nel colore, interviene prontamente a difesa degli esseri umani.

Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...

Un generale del Kgb trama per violare il trattato di non proliferazione nucleare stretto tra Usa, Urss e Gran Bretagna. Un suo fido agente si installa nei pressi di una base americana in terra inglese e lavora alla costruzione di un ordigno atomico, di potenza limitata ma sufficiente a scatenare un incidente internazionale senza precedenti. Ma il solerte controspionaggio britannico corre ai ripari.

La salma del diabolico dottor X, giustiziato, è stata rubata e rianimata da un suo collega. Ma occorre sempre del nuovo sangue per sfamare la mostruosa creatura.

Due coppie di liceali durante la notte della festa di fine anno, investono un uomo con la loro auto. Terrorizzati per le possibili conseguenze negative per le loro vite, i ragazzi decidono di gettarne il corpo in acqua e di non rivelare l'accaduto ad alcuno. Dopo un anno i quattro, che nel frattempo si erano persi di vista, vengono ricattati e minacciati da qualcuno che conosce il loro segreto.

Harry Palmer, agente del servizio segreto britannico, accetta di portare a Helsinki una scatola ermeticamente chiusa, della quale ignora il contenuto. Prima di partire, però, Harry, che non è un ingenuo, decide di esaminare ai raggi X il contenitore e si accorge che questo racchiude alcune colture di micidiali bacilli. Scopre così di essere finito in un complotto ordito da una misteriosa organizzazione americana...