1992년 유엔 G센터에서 개발된 메카고지라는 고지라와 싸웠지만 패배했다. 6500만 년 전 알에서 태어난 베이비 고지라를 미끼로 고지라를 유인하려 했지만, 라돈의 습격으로 실패했다. 결국 고지라에게 베이비를 돌려주자 고지라는 파괴를 멈추고 베이비를 데리고 바다로 갔다.

마켓에서 물건을 고르는 도중 동네 노인이 피를 흘리면서 “안개 속에 무언가가 있다!!” 뛰쳐 들어왔다. 마트 밖은 이미 아무것도 보이지 않는 정체 불명의 안개로 뒤덮혔고, 정체불명 거대한 괴생물체의 공격을 받는다. 마트 안에는 주민들과 데이빗, 그의 아들 빌리가 고립되었고, 지금 밖으로 나간다면 모두 죽는다는 미친 예언자가 그곳을 더욱 절망스럽게 만든다. 몇 시간 뒤 그들은 믿을 수 없는 괴물들의 등장으로 목숨의 위협을 받고, 살기 위해 살아 남기 위해 싸우기로 결심한다.

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

1965년 일본과 미국 합작으로 제작된 괴수영화로 거인 프랑켄슈타인과 괴수 바라곤의 싸움이 주된 내용이다.

세계적인 물리학자 마이클 암스토롱(폴 뉴먼 분)은 코펜하겐에서 열리는 국제물리학회에 참석하기 위해 약혼자이자 조수인 사라 셔번(줄리 앤드류스 분)과 함께 떠난다. 현지에서 마이클은 망명을 가장해 동독에 들어가 라이프치하에 있는 린트 교수로부터 극비 사항인 미사일 제조 비법을 입수하라는 밀명을 받는다. 그러나 그의 첫 시도는 내막을 모르는 약혼자 사라가 그를 따라 동독까지 가겠다는 바람에 실패한다. 두번째 시도도 자신의 밀명을 눈치챈 경호원을 죽이는데 가담할 수 밖에 없는 상황에 몰려 실패, 상황은 더욱 꼬여만 가는데.

냉전이 한창이던 1961년. 소련은 자국 최초의 핵잠수함인 K-19을 완성한다. 과부 제조기라는 별명이 붙을 정도로 제조 과정부터 많은 사람들의 희생이 뒤따랐던 K-19에도 첫 임무가 주어지고, 기대 속에 항해가 시작된다. 하지만 항해 중 노르웨이 해안 근처에서 원자로 냉각기가 고장난다. 그 곳은 나토 기지와 불과 1마일 정도밖에 떨어지지 않은 곳으로, 원자로가 폭발한다면 3차 대전이 일어날 상황. 본국과의 연락마저 끊긴 상황에서 함장 알렉시 보스트리코브(해리슨 포드)와 부함장 미카일 폴레닌(리암 니슨)은 직면한 위기를 어떻게든 극복하고자 하는데...

남미의 베네주엘라를 탐험 중이었던 사진가 제리(Jerry Manley: 마크 L. 테일러 분)가 거대한 독거미에 물려 즉사하자 그의 시체가 고향 마을 카나이마(Canaima)에 보내진다. 하지만 그의 관 속에 함께 딸려온 거미에 의해 그의 사체는 끔찍하게 말라있었다. 한편, 젊은 의사인 로스 제닝스(Ross Jennings: 제프 다니엘스 분)와 아내인 몰리(Molly Jennings: 할리 제인 코작 분) 부부는 복잡한 도시를 떠나, 시골의 작은 마을에서 살기로 하고, 작은 마을 카나이마에 정착한다. 그곳은 푸른 숲과 초원 속에 자리잡은 데다, 바위 절벽들 사이로 멋진 태평양의 바다를 바라볼 수도 있으며, 아이들을 키우기에 아주 이상적인 곳이라고 생각되었다. 그런데 은퇴하기로 되어있는 마을의 늙은 주치의 사무엘 메카프 박사(Doctor Sam Metcalf: 헨리 존스 분)가 약속을 어기고는 계속 일을 하겠다고 고집을 부려 제닝스를 난처하게 한다. 제닝스 가족이 새 집에 자리잡는 동안, 관 속에 함께 딸려온 거미 또한 제닝스의 헛간에 자리를 잡고 알을 부화시킨다. 곧 치명적인 독을 가진 거미에 의해 제닝스의 유일한 고객인 마가렛 부인(Margaret Hollins: 매리 카버 분)이 죽음을 당하고, 이어 학교에서 축구 연습 중 학생 하나가 죽게 되자, 제닝스는 더욱더 곤경에 처한다. 한편, 몰리는 지하실 와인 창고의 목재가 썪자 뚱뚱하고 엉뚱한 해충구제원 델버트 맥클린틱(Delbert McClintock: 존 굿맨 분)에게 도움을 청한다. 몇일 후 메카프 박사가 거미에 의해 죽음을 당하자 마을의 유일한 의사 제닝스는 죽은 사람들이 모두 거미에 물렸다는 사실을 알고는 사진사 제리와 함께 베네주엘라에 갔었던 곤충 학자 애서튼 박사(Doctor James Atherton: 줄리언 샌즈 분)에게 연락을 한다.

프랑켄슈타인의 세포에서 태어난 인간형 바다 짐승 가이라가 도쿄의 해안을 공격한다. 일본군이 행동을 취할 준비를 하는 동안, 가이라의 가르간투아 형제인 산다는 그의 친척을 지키기 위해 산에서 내려온다. 선과 악의 싸움이 이어지며, 형제들은 분열되고 도시는 폐허가 된다.

모스라가 사는 인펀트섬을 점령한 테러리스트들, 일명 '붉은 대나무'는 이곳을 기지로 삼고 주민들을 강제로 일을 시킨다. 바다에는 에비라랍스터가 지키고 있어서 탈출은 불가피하다. 그때 주인공 일행이 동굴에서 고지라를 발견하고 고지라 머리에 칼을 올려놓고 고지라를 깨운다 깨어난 고지라는 테러 리스트들의 기지를 파괴하고 에비라와 한판 뜬다. 그때 모스라가 돌아오고 고지라랑 협공해 에비라를 해치운다.

68년 소련, 영국, 미국의 핵무기 확산 금지 조약으로 체결된 4개의 의정서는 현재 제4의정서만 존재한다. KGB의 최고 책임자 고보신 장군은 냉전 심화를 유도, KGB를 주무르기 위해 제4의정서 파기 계획을 시행한다. 그는 소련 정보부의 페트로프스키 소령을 차출, 영국으로 파견한다. 그의 임무는 소형 원폭을 제작, 폭파시켜, 영국에서 미군기지를 축출하는 것이다. 그런데 뇌관으로 쓸 리치움 원판이 항만청출입국의 프레스톤의 눈에 뜨이고, 그는 중대한 음모가 있다는 보고서를 제출한다. 고보신의 음모를 달가와하지 않는 소련 정보부는 윙클러를 페트로프스키와 접선시킨다. 프레스톤은 윙클러를 쫓다가 페트로프스키의 은신처를 찾아 위기를 막는다. 그러나 모든 사건이 양국 고위 정보책임자들의 게임이었음을 알고 허탈감에 빠진다.

노스 캐롤라이나의 작은 어촌, 고등학교를 졸업하고 미래의 희망에 부푼 네명의 주인공 줄리(제니퍼 러브 휴윗), 헬렌(사라 미쉘 겔라), 레이(프레디 프린즈 주니어), 배리(라이언 필립)은 7월 4일 축제의 여흥을 즐기며 고속도로를 질주한다. 하지만, 음주운전 중 사람을 치어 죽인 이들은 시체를 물속에 빠뜨리고, 무덤 속까지 비밀에 붙이기로 약속한다. 그러나 그들의 공모는 1년 후 끔찍한 악몽으로 다가오는데...

해리 파머는 MI5를 그만두고 삼류 사립탐정으로 살아가고 있습니다. 다시 정보국으로 복귀하라는 로스 대령의 요구를 무시한 그는 정체불명의 전화를 받고 역시 정체불명의 소포를 핀란드로 배달하는데, 알고 봤더니 그 고용주는 그의 미국인 친구인 레오 뉴비겐이었고 소포는 치명적인 바이러스가 들어있는 계란들이었죠. 여기서부터 해리 파머는 바이러스를 되찾으려는 영국 정보국, 반공산봉기를 일으키려는 라트비아 왕당파, 전세계의 공산주의자들을 모두 죽여없애는 것이 자신의 사명이라고 믿고 있는 텍사스 출신 광신도 장군, 봉기를 막으려는 소련 정보국 그리고 그들 사이에서 이득을 취하려는 여러 사람들이 등장하는 지독하게 복잡한 음모에 말려듭니다.

톰과 벤은 프랑스에 사는 엄마를 떠나 스웨덴에서 혼자 살고 있는 아빠를 찾아온다. 전문직 종사자인 아빠는 직장을 팽개친 채 두 아들을 데리고 아무도 없는 숲 속으로 캠핑을 떠난다. 그러나 기이한 행동을 보이는 아빠에게 아이들은 불안과 공포를 느끼고 캠핑장에서 빠져나가려고 애쓰는데...

'깨어나라. 전설의 수전룡이여!' 슈퍼 아이돌인 미코 즉, 아마노 미코토의 콘서트 장에 조리 마들이 나타났다. 거기에 달려온 쿄류저. 그 곳에서 만난 다이고와 미코토는 한때 프랑스에서 만나 서로 알고 있었던 사이. 일단 적을 물리 친 다이고들이지만, 재회를 기뻐할 틈도 없이 영맹(獰猛)의 전기 데스류저(恐龍邪) 통칭 "D"의 출현으로 미코토가 끌려가 버린다. D의 목적은 수전룡 0호 '토바스피노'을 손에 넣는 것. 미코토의 "노래"에 감춰진 수수께끼가 수전룡 부활의 열쇠다!