돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.

난파선을 확인하기 위해 바다 속으로 들어가는 다큐멘터리 제작팀의 이야기를 다룬 영화

2차 세계 대전 당시, 일본군은 말레이시아에서 생체 실험을 통해 무적의 군대를 만들려고 했지만 계속 실패를 하게 되고 결국 비밀 생체 연구소 또한 폭파 되고 만다. 세월이 흐른 뒤 오늘 날, 기에단에서 삐에로와 잡일을 도맡아 하며 살고 있던 써니는 기에단의 실세인 비도의 고수 장대초에게 온갖 굴욕을 당하며 살다가 우연히 장대초의 동생이 알아온 금괴 소식을 듣고 일당의 뒤를 따라갔다가 사로고 독가스를 마시게 된다. 죽을 고비를 넘긴 끝에 유명 앵커인 엔젤의 도움으로 홍콩에 오게 된 써니는 돌연변이가 된 장대초 일행의 악생에 맞서는 비도기협으로 언론데 소개되고 장대초는 얼굴이 멀쩡한 써니와 자신들의 흉악한 모습을 비교하며 써니의 피를 마시면 치료가 될 거라는 생각을 갖게 된다.

상어 전문가로 영국에 초청받은 핀은 노바로부터 급한 연락을 받고 그녀를 찾아간다. 핀과 노바는 고대 선조들의 비밀을 알게 되고 유물을 손에 넣지만, 균형이 무너지면서 상어 떼가 세상 밖으로 나온다. 한편, 길이 샤크네이도에 휩쓸려 날아가자, 핀과 에이프릴은 아들을 구하러 나서는데...