Nakon što je izgubio pamćenje i jedinu osobu koju je volio, Bourne je prisiljen razotkriti svoju prošlost kako bi mogao imati budućnost. Putujući od Moskve, Pariza, Londona do Tangera i New Yorka, nastavlja potragu za pravim Jasonom Bourneom – cijelo vrijeme nastojeći nadmudriti brojne policajce, savezne časnike i Interpolove agente koji ga drže na nišanu.
Prošlost Jason Bournea vraća se po njega. U drugom dijelu sage o tri filma koja se temelji na životu Jason Bournea, bivšeg CIA-inog agenta koji gubi pamćenje i dok se bori da ga oporavi i otkrije tko je on, našao se uključen u mrežu špijunaže i vladine manipulacije od strane Sjedinjenih Država gdje će ga progoniti profesionalni ubojice, paravojni plaćenici i bivši CIA-ini drugovi. Film započinje u Goi u Indiji, gdje su Jason i Marie otišli živjeti da bi se sakrili od Treadstonea, ali tamo ima bivšu tvrtku agent ih locira i progoni. Jason Bourne započinje svoju avanturu da otkrije svoju prošlost sjećanjem se dijela toga i progoni agenta koji se također predstavlja kao on.
Philadelphijski zaštitar na sveučilišnom stadionu, inače bivši igrač footballa, David Dunn, jedini je preživjeli u katastrofalnoj željezničkoj nesreći. Ne samo da je preživio, nego je prošao bez i najmanje ozljede. I, mnogo neobičnije, , nakon nesreće shvaća da ga u životu prati sreća, kao da mu ništa ne može nauditi i kao da je neranjiv.
Larry Cotton i njegova supruga Julia odluče useliti se u bivšu obiteljsku kuću Cottonovih u kojoj je zadnji živio Larryjev nestali polubrat Frank, inače Julijin bivši ljubavnik. Larry poziva i svoju kćer iz prvog braka Kirsty da dođe živjeti s njima. Julia ubrzo otkrije da u potkrovlju kuće živi Frank, ili bolje rečeno njegova tjelesna olupina: Frank je naime, u potrazi za krajnim granicama koje bi mogao prekoračiti, uspio pomoću tajanstvene kocke slagalice otvoriti vrata pakla, gdje su ga, izloživši ga strašnim mukama, dezintegrirali demoni Cenobiti. Međutim, kad su se Larry i Julia uselili u kuću, Larry se porezao, a iz kapi njegove krvi Frank je ponovno počeo sklapati svoje tijelo. Sad traži od Julije da mu pomogne da se potpuno fizički obnovi, a to je moguće samo ako mu Julia bude dovodila ljude od čije će se krvi obnavljati. Ona je užasnuta, ali pristaje, jer ju Frank neodoljivo privlači i sve bi učinila za njega...
Američko-ruska ekspedicija poslana je na Jupiter kako bi otkrili što se prije desetak godina dogodilo s Discoveryjem. Ekspedicija treba odgonetnuti značenje velikog monolita koji se nalazi u blizini Jupiterovog mjeseca Europe, te što se dogodilo s Halom 9000, sofisticiranim računalom, koji je vodio logistiku Discoveryja. Letjelica je ruska kao i pilotska posada, a znanstvenici američki na čelu s dr. Floydom. Doba je uoči američko-ruskog Hladnog rata.
Tijekom listopada 1994., tri studenta filma na koledžu u Montgomeryju, Heather Donahue, Joshua Leonard i Michael Williams dali su prijedlog za stvaranje projekta koji će se predstaviti u filmskoj klasi, a projekt nazvan Heather "Projekt vještica iz Blaira" uključivao je intervjue sa stanovnicima grada iz Burkittsville-a, Maryland, o lokalnoj vještici.