La Mistery Inc. va in vacanza alle Hawaii perché Daphne deve incontrare il direttore della Goha Aloha, una ditta produttrice di abiti e costumi particolari. Ma arrivati, scoprono che la fidanzata del più famoso surfista dell'isola è stata rapita da dei demoni schiavi del Whiky-Thiky, una creatura che vive nel monte Pulanana. Scooby doo e i suoi amici dovranno scoprire il mistero tra surf, onde e vulcani in eruzione.
Nel giorno del suo trentesimo compleanno, Franck riceve dal suo capo Marc l'incarico di fare da babysitter improvvisato al figlio, Remy, un bambino di 10 anni molto maleducato e molto arrabbiato col padre. Un volta arrivato alla villa di Marc, Franck viene raggiunto dai suoi migliori amici Alex e Sam, che vogliono festeggiare il suo compleanno in grande stile. A loro si aggiunge la bella Sonia, ex fiamma di Franck. Come rifiutare? Il mattino dopo la polizia informa Marc e sua moglie che la loro casa è devastata, la macchina è distrutta e Remy è sparito. Come ricostruire il corso degli eventi? Facile: nella villa è rimasta una videocamera con cui Franck e i suoi amici hanno filmato tutta la loro notte brava. Da qui inizia il film nel film.
Mentre sta curando una poliziotta, l'ipnoterapeuta Michael Strother ha la visione telepatica di una ragazzina che galleggia sulla superficie di un fiume. Vittima scampata di un serial killer, la bambina è diventata muta e Michael viene chiamato da Scotland Yard per svelare i segreti che custodisce in modo da poter catturare un uomo che crede di aver scoperto la chiave per l'immortalità.
Al Millennium Building, uno dei maggiori grattacieli di New York e da poco inaugurato, iniziano a verificarsi misteriosi incidenti sugli ascensori, alcuni di essi mortali. Sul caso indaga un'intraprendente giornalista coadiuvata da due tecnici di ascensori, ex militari reduci della Guerra del Golfo, i quali puntualmente non riscontrano anomalie. Presto si scopre che chiunque indaghi sulle macchine è a sua volta vittima di spiacevoli incidenti anche fuori dal Millenium. Un ex ricercatore militare, anche egli partecipe a precedenti conflitti è stato radiato dalle Forze Armate ed è impiegato nella stessa ditta dei protagonisti. Un nuovo ritrovato della tecnologia ha trasformato dei normali ascensori in macchine assassine.
Negli anni Cinquanta un virus alieno era stato rilevato sulla superficie di un meteorite precipitato nella remota Siberia. Siamo nei primi anni Duemila: un team di scienziati americani - guidati dalla dottoressa Cole - lavora in un laboratorio sotterraneo top secret in Alaska, dove esegue ricerche per sviluppare armi batteriologiche. Dopo vari tentativi, i ricercatori riescono a clonare il virus extraterrestre: tuttavia un errore causa la contaminazione aliena dell’interno laboratorio. Gli scienziati inviano un segnale d'emergenza poco prima del blocco completo della struttura, ma cosa sia successo non è chiaro. Così sul posto viene inviata una squadra di militari capitanati dal sergente Trainor: il loro compito è capire cosa sia accaduto là sotto e fermare il propagarsi del virus.