توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
لس‌آنجلس. گروهی تروریست اداره‌ی مرکزی جدیدالتأسیس یک شرکت ژاپنی را تصرف می‌کنند و مهمانان شرکت کنندگان در مهمانی شب سال نو را به گروگان می‌گیرند. در این جا «جان مکلین» (ویلیس) پلیس نیویورکی، نبردی یک تنه را علیه مهاجمان آغاز می‌کند.
سن فرانسیسکو، «بازرس هری کالاهان» (ایست وود) که به خاطر خشونتش معروف به «هری کثیف» است می کوشد تا شریک قاتل روانی (رابینسن) را از سر جامعه کم کند...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
کامرون پو که یک تفنگدار با افتخار در ارتش امریکا می باشد پس از اینکه برای دفاع از همسرش در یک نزاع با فردی مست وی را به قتل می رساند محکوم به حبس می شود . پس از هشت سال او آزاد شده و برای دیدن همسر و دخترش که تاکنون او را ندیده است به خانه خواهد رفت . هواپیمایی که او را به مقصد می برد یک هواپیمای ترابری است که یکسری قاتلین و تبهکاران حرفه ای توسط آن به زندانی با امنیت بسیار بالا در لوسیانا منتقل می شوند . پس از یک نقشه موفقیت آمیز ، تبه کاران با رهبری( سایروس) موفق می شوند کنترل هواپیما را بدست بگیرند و آنرا بسمت لوس آنجلس ببرند تا از آنجا با یک هواپیمای دیگر به یک کشور خارجی بگریزند . مقامات عالی رتبه پلیس تصمیم دارند هواپیما را در هوا منهدم کنند اما یک مارشال پلیس به اسم (وینس لارکین) راه حل دیگری سراغ دارد که این راه حل متوقف کردن تبهکاران به کمک کامرون پو است...
یک مامور به سیدنی فرستاده می شود تا ژن ویرایش شده یک بیماری بنام «چیمرا» را بیابد و نابود کند.
یک کارآگاه دایره جنایی باید گروهی از تبهکاران که سعی دارند با پخش نوارهای ویدئویی از صحنه های قتل و جنایت، در رسانه محبوبیتی بدست آورند، را متوقف سازد...
«بتمن» (وال کیلمر) به کمک یک روانشناس (نیکل کیدمن)، و «رابین»، که یک آکروبات سیرک است، به نبرد با «دو چهره» (تامی لی جنز) و «ریدلر» (جیم کری) می رود...