고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

일본으로 떠나는 롭을 위한 뉴욕시내의 송별 파티장. 친구 허드는 떠나는 롭에게 전할 마지막 인사를 캠코더에 담느라 분주하다. 파티의 분위기가 무르익을 무렵, 어디선가 알 수 없는 괴성이 들려오며 파티장은 순식간에 암흑에 휩싸이고, 지진이 발생한 듯 도시 전체가 요란하게 흔들린다. 당황한 일행 중 누군가가 급히 TV를 켜자, 뉴스에서는 ‘정체불명의 거대괴물이 맨해튼 시내를 무자비하게 파괴하고 있다! 즉시 대피하라!’는 뉴스만이 반복된다. 다급히 옥상으로 올라가 바깥상황을 살펴본 롭과 일행은 처참히 파괴되어가는 도시와 ‘그 놈’이 날려버린 자유의 여신상의 머리가 길바닥에 나뒹구는 사태를 바라보며 놀라움을 금치 못한다. 절체절명의 위기 속에서 다급해진 롭은 미들타운에 사는 여자친구 베스에게 연락을 취하지만, 불통이다. 친구들의 만류에도 분류하고 롭과 일행은 베스를 구하러 미들타운으로 향하는데…

리플리와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다. 하지만 이미 에일리언이 침입하게 되어 화재가 나자 리플리를 포함한 생존자들은 구명선에 타고 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성에 비상 착륙한다. 혹성은 웨이랜드-유타니 노동 교도소 161이라는 범죄자들의 유배지로 사용되는데, 에일리언에 의해 그곳에 살고 있는 개의 몸에서 새끼가 부화된다. 들짐승같이 행동하는 에일리언에 의해 수용인들이 하나 둘 죽어가고, 리플리는 유배되어 있는 25명의 범죄자들과 같이 이 괴물을 잡기로 하는데...

페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.

청순한 미모의 소녀 마티(Marti Malone: 가브리엘 앤워 분)는 화학무기를 검사하는 아빠 스티브(Steve Malone: 테리 킨네이 분)를 따라 군부대에 한달간 머물게 된다. 그러나 부대에 닿기 전, 잠깐 들른 주유소에서, 그녀는 정체불명의 남자로부터 ‘잠들지 말라’는 불길한 경고를 받게 된다. 남자의 경고를 무시한 채, 마티는 부대안에서 알게 된 진(Jenn Platt: 크리스틴 엘리즈 분)이라는 친구와 어울리며 팀(Tim Young: 빌리 워스 분)이라는 잘 생긴 헬기 조종사를 사귀게 된다. 사춘기 특유의 반항심과 새 엄마 캐롤(Carol Malone: 멕 틸리 분)로 인해 아빠와 마찰을 빚던 그녀는 팀으로부터 따뜻한 마음의 위안을 얻고 사랑의 키스를 나눈다. 그 와중에 부대안을 감싸고 있던 불길한 기운은 마침내 그녀의 가족을 엄습하고, 제일 먼저 새엄마가 외계 식물의 습격을 받아 영혼을 빼앗긴 채 복제당한다. 이윽고 부대안은 복제된 외계인들의 소굴이 되어가고, 어느날 밤, 마티와 그녀의 동생 앤디(Andy Malone: 레일리 머피 분), 아빠까지도 외계식물의 습격을 받는다. 가까스로 복제의 위기에서 탈출한 세 사람은 지하 창고로 숨어들지만, 콜린즈 소령(Dr. Collins: 포레스트 휘테커 분)을 만나러 갔던 아빠마저 복제당하고, 마티와 그녀의 동생은 팀 덕분에 간신히 목숨을 건진다. 그러나 위기는 끝나지 않고, 병원으로 끌려간 마티는 거의 복제될 뻔한 상황에서 팀의 도움으로 가까스로 탈출하고, 동생을 구해 헬기에 올라타는 순간, 이미 그 동생마저 복제됐음을 알게 된다. 결국 가족을 모두 잃은 채 부대를 탈출한 마티는 팀과 함께 처절한 복수를 감행한다. 그러나 새엄마 캐롤의 경고대로, 복제 인간의 씨앗인 외계 식물은 미국 각지역에 퍼저 지구 정복의 날만을 기다린다.

알파 별, 센토이. 센토이와 항상 전쟁을 하진 않았지만 그건 내 인생의 전부였다. 첫 침공 이후 6년이 지난 2050년 우린 많은 것들을 잃었다. 하늘도 잃었고, 지구를 보호하던 전자 보호돔도 파괴되면서 적공격에 더욱 치명타를 입었다. 무방비 상태의 도시들을 잃었으나, 정부는 그걸 망각했다. 우리 세계를 지탱하던 민주주의를 잃었다. 센토이와 더 이상의 평화는 기대할 수 없었다. 그건 그들 목표가 평화가 아니었기 때문이다. 목표는 지구였다. 결국 지구는 무제한의 전쟁터가 되었다. 내가 어렸을때 장난감 로킷을 만들곤 했다. 나는 우주를 개척하고 신세계를 발견하고 싶었다. 나는 센토이를 본적이 없었지만, 아버지가 말해줘서 알고 있었다. 그들은 비행능력에서 유전적으로 우월했고, 우릴 무자비하게 공격했다. 그게 내 아버지의 마지막 모습이었다. 나는 장난감 로킷을 만드는걸 그만뒀다. 만들 필요가 없었다. 대신에 무기를 만들었다. 그리고 나의 구원자를 알았다. 그녀의 이름은 마야였다.} 때는 2079년. 지구는 십여년 동안 외계인과 전쟁 중이다. 스펜서 올햄은 뛰어난 정부 소속 과학자. 올햄의 최근 연구 결과가 지구를 지킬 수 있을 것으로 기대되고 있다. 그런데 갑자기 올햄이 외계인 스파이라는 혐의를 받으면서 전국적인 수사망의 표적이 되어버린다. 이제 영웅적 과학자에서 하루 아침에 사회의 적으로 처지가 뒤바뀌어 버린 올햄은 이중의 딜레마에 빠진다. 첫째, 비밀 경찰에게 자신의 정체를 증명하고 인류를 구할 수 있을 것인가? 둘째, 자신이 누구인지 스스로 증명할 수 있을 것인가....!

정신과 의사 캐롤(니콜 키드먼)과 동료의사 드리스콜(다니엘 크레이그)은 정체 불명의 물질이 잠자는 인간에게 침투해 겉모습은 그대로 둔 채 정신세계를 변화시키고 있음을 알게 된다. 감염자들이 늘어나면서 그들은 자신들과 다른 정상인을 색출해 또 다른 감염자로 만들려고 혈안이 된다. 그들에게 사로잡히지 않기 위해서는 절대 잠들거나, 절대 감정을 드러내서는 안 된다! 광기에 휩싸인 도시에서 누가 감염자이고 누가 정상인인지 판별하는 것조차 어려워지고... 캐롤은 어린 아들을 보호하기 위해 목숨을 건 탈주를 시작한다!!

형의 자살 이후 스티브 클락은 부모님들과 함께 아름답고 작은 마을, 크레들 베이로 이사 온다. 이상하리 만큼 모범생이 많은 크레들 베이. 이 마을엔 음주 운전사고도 없고, 약물 남용이나 자살도 없다. 이 곳의 고등학교에는 '푸른 리본'이라는 도덕적으로나 학구적으로 우수한 학생들만으로 구성된 모임이 있다. 하지만, 이들의 완벽함엔 어딘가 부자연스러운 점들이 있었다. 예전의 이 그룹의 멤버들은 모두 문제아들로 낙인찍혀 있던 학생들로 하루아침에 모범생으로 돌변해 버린 것이다.스티브는 동료 친구들의 부자연스러운 행동들을 의심하는 가빈, 레이첼과 함께 푸른 리본의 숨겨진 진실을 파헤치려 한다. 그들은 결국 학교 정신과 의사인 칼디콧 박사가 'Stepford-Like'이라는 외과적 수술로 10대들의 거친 습관들과 반항적인 행동을 고치기 위해, 학생들을 마인드 컨트롤하고 있음을 알아낸다. 급기야 가빈도 이 수술을 받게 되고 스티브마저 위험에 처하게 되는데.

스파이키드로 활약중인 카르멘과 주니, 이들의 아버지 그레고리오가 OSS 새국장이 될 기쁨에 온가족이 잔뜩 부풀어 있으나 엉뚱하게도 그들의 라이벌 개리와 개티 기글스의 아버지인 도나곤 기글스가 새국장이 되고 만다. 임명식이 있던날 수상쩍은 웨이터들의 샴페인 반격으로 가공할만한 위력을 지닌 무기인 트랜스무커를 빼앗기고 만다. 이에 격분한 미국 대통령은 갓 임명된 OSS의 새국장 도나곤에게 트랜스무커를 회수하라는 중책을 맡긴다. 외딴섬에 본거지를 두고 있는 악당들의 우두머리는 알고보니 도나곤! 그는 트랜스무커를 손에 넣어 전세계를 지배해보겠단 야심에 차있는 사람이다. 그런데 이 섬은 보이지 않게 위장하기 위해 시각 차단 장치인 트랜스무커를 작동시켜 놔서 그 부근만 가면 모든 게 증발돼 버리는 결과를 빚는다. 물론 그 위력 때문에 모든 전기장비는 나가버리고… 이에 카르멘과 주니가 접근하고 도나곤의 아이들인 게리와 게르티도 뒤따라온다. 그 섬을 만든 사람은 유전학자인 로메로, 그는 유전학을 잘못 활용해 그 섬에 희귀한 생물체들을 퍼뜨려놓는다. 그리고 카르멘과 주니를 돕는데, 이로써 두 스파이키드는 트랜스무커가 악당 손에 넘어가는 걸 막는데...

놈의 사냥터에 뛰어들었다! 거대 식인상어와 맞서 살아남아라! 태평양 먼 바다 한가운데, 굶주린 식인상어의 무차별 인간사냥이 시작됐다! 작은 카약 보트 위 오로지 낡은 패들 뿐!

유엔 평화봉사단인 더글라스(데이빗 튤리스 분)는 공무 수행차 남태평양 자바해 상공을 비행하다가 추락한다. 더글라스는 항해 중이던 몽고메리(발 킬머 분)란 과학자에게 구조되고 조난 사실을 알리기 위해 그들을 따라 낯선 열대섬에 상륙한다. 섬에는 노벨상을 수상한 유전학자 모로 박사(마론 브란도 분)가 살고 있었다. 더글라스는 그의 딸 아이사(페루자 벌크 분)를 만나 이국적이고 아름다운 용모에 매혹된다. 그런데, 그날 밤 몽고메리는 더글라스를 방에 가둬버린다. 수상한 낌새를 눈치챈 더글라스는 섬을 조사하기로 결심한다.

엉뚱한 판단으로 운좋게 사건을 해결해가는 비밀요원 딕스 대령. 달기지 베이건의 '인간-외계인부'의 행정관인 미모의 카산트라 미나지 양을 만나, 현재 백악관에 있는 대통령이 진짜 대통령이 아니라는 사실을 알게된다. 진짜 대통령은 달기지에 감금되어있고, 현재 대통령 행세를 하고 있는 사람은 대통령의 복제인간인 것. 대통령을 구출하는 임무를 맡게된 딕스 대령은 달로 향한다. 달기지의 연구 책임관인 프랫 박사를 만난 딕스 대령은 그곳에서 수많은 복제실험이 행해지고 있음을 알게된다. 프랫 박사의 방을 뒤져 달기기 설계도를 찾아내 대통령이 어디 있는지 알아내려던 딕스 대령은 아슬아슬하게 프랫 박사의 눈을 피해 도망치지만 결국 들켜서 프랫 박사의 협박을 받게된다. 하지만 딕스 대령의 설득으로 맘을 고쳐먹은 듯 보이는 프랫 박사에 의해 대통령을 쉽게 찾아 지구에 있는 가짜 대통령과 바꿔치기 하지만, 사실 이 모든 것이 거짓이었고, 진짜 대통령을 가짜와 바꾸는 일에 동참했다는 사실을 알게 되는데.