Akcja filmu rozpoczyna się w roku 1907, gdy rodzina Ekdahlów świętuje Boże Narodzenie. Głową rodu jest Helena, matka trzech synów - Oskara, Carla i Gustawa Adolfa. Wkrótce Oskar umiera, pozostawiając żonę Emilię oraz dwoje dzieci - córeczkę Fanny i syna Aleksandra. Niebawem Emilie ponownie wychodzi za mąż za protestanckiego pastora - człowieka niezwykle oschłego i surowego. Fanny i Aleksander cierpią z powodu braku miłości, lęku i osamotnienia. Terroryzowanym przez ojczyma dzieciom z pomocą przychodzi stary przyjaciel Heleny, Isaak Jakobi...
Hiszpania, koniec lat 30. Kraj objęty jest wojną domową. 12-letni Carlos trafia do sierocińca Santa Lucía . Prowadzą go wspierający republikanów nauczyciele, Carmen i doktor Casares. Położony na bezludziu stary budynek skrywa wiele mrocznych tajemnic. Tuż po przybyciu, Carlosowi ukazuje się duch małego chłopca. Bohater podejrzewa, że to Santi, jeden z wychowanków sierocińca, który zniknął w niewyjaśnionych okolicznościach…
Po rozstaniu z mężem Dahlia Williams (Jennifer Connelly) wraz z 5-letnią córeczką wprowadzają się do mieszkania w starym apartamentowcu. Gdy napięcie związane z walką o opiekę na dzieckiem wzrasta, Dahlia odkrywa, że w domu dzieją się dziwne rzeczy. Z pustego mieszkania powyżej dobiegają tajemnicze odgłosy, a na podłodze w sypialni pojawiają się kałuże wody. Zrealizowany na podstawie klasycznego japońskiego horroru film "Dark Water - Fatum" zgłębia tajemnicę, jak daleko posunie się matka, by chronić swoje dziecko.