"O Que É Isso, Companheiro?" conta a história em 1964, quando um golpe militar derruba o governo democrático brasileiro e, após alguns anos de manifestações políticas, é promulgado em dezembro de 1968 o Ato Constitucional nº 5, que nada mais era que o golpe dentro do golpe, pois acabava com a liberdade de imprensa e os direitos civis. Neste período vários estudantes abraçam a luta armada, entrando na clandestinidade, e em 1969 militantes do MR-8 elaboram um plano para seqüestrar o embaixador dos Estados Unidos (Alan Arkin) para trocá-lo por prisioneiros políticos, que eram torturados nos porões da ditadura.

João Guilherme Estrella (Selton Mello) nasceu em uma família de classe média do Rio de Janeiro. Filho de um diretor do extinto Banco Nacional, ele cresceu no Jardim Botânico e frequentou os melhores colégios, tendo amigos entre as famílias mais influentes da cidade. Carismático e popular, João viveu intensamente os anos 80 e 90. Neste período ele conheceu o universo das drogas, mesmo sem jamais pisar numa favela. Logo tornou-se o maior vendedor de drogas do Rio de Janeiro, sendo preso em 1995. A partir de então passou a frenquentar o cotidiano do sistema carcerário brasileiro.