در مرکز کشوری، «منطقهی» مرموزی پدیدار میشود که به نظر میرسد نتیجهی سقوط یک شهاب سنگ یا سفینههای فضایی باشد. «استاکر» (کایدانوفسکی) یکی از افرادی که به عنوان راهنمای آدمهای کنجکاو به منطقه راه یافته تصمیم دارد بدون اعتنا به قوانین، در قبال دریافت پول، دو مرد را به آن جا ببرد.
موجود فضایی بیگانه ای به نام «ئی.تی.» از سفینه ی فضایی اش که در جنگلی در حومه ی لس آنجلس فرود آمده، جا می ماند و در حیاط خلوت خانه ای پناه می گیرد که در آن «الیوت» ده ساله زندگی می کند. خیلی زود «الیوت»، «ئی. تی.» را می بیند و دوستی و اعتمادش را جلب می کند.
یک افسر پلیس به یک سازمان مخفی میپیوندد که حفظ نظم کرده و بر تعاملات فرازمینیها بر روی زمین نظارت میکند.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
موجودات فضایی به زمین می آیند و تنها هدفشان نابودی و غارت است...
صهیون، شهر انسانها در مقابل حملات بی امان ماشینها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.