전후의 혹독한 카탈루냐 시골에서 패전국의 아이 안드레우는 숲에서 한 남자와 그의 아들의 시체를 발견합니다. 당국은 아버지가 이 죽음에 대한 책임을 지기를 원하지만, 안드레우는 아버지를 도와 진짜 범인을 찾아내려고 합니다. 이 과정에서 안드레우는 거짓으로 가득 찬 어른들의 세상에 맞서 도덕 의식을 키웁니다. 살아남기 위해 자신의 뿌리를 배신하고 결국 자신의 내면에 숨어 있는 괴물을 발견하게 됩니다.

1939년 4월 1일, 스페인 내전이 끝난 후 승리한 프랑코 정부는 공화주의자들과 공화파 동조자까지 색출하여 체포한다. 그 중 공화주의 계열의 공동체에서 대민활동을 했던 13명의 여성들 역시 체포되고, 사형당하게 된다. '13송이 장미'는 총살당한 13명의 여성들을 의미하는 상징적 이름이다.

1937년 파시스트와 공화정부파로 갈라져 싸우던 스페인 내전에서 미국 청년 로버트 죠단은 정의와 자유를 위해 공화 정부파의 의용군에 투신하여 게릴라 활동에 종사하고 있다. 죠단에게 내려진 새로운 임무는 적군의 진격로에 해당하는 산중의 대철교를 3일 후에 폭파시키라는 것이다. 죠단은 안세르모라는 늙은 짚시를 안내로 삼고, 목적하는 산지로 찾아들어간다. 한편, 철교를 폭파시키기 위해서는 이 산악지방의 집시의 힘을 빌지 않고서는 불가능하다. 이 짚시의 두목은 술을 좋아하는 파블로로 그는 이일에 선뜻 협력하려들지 않는다. 그래서 죠단은 파블로의 아내 필라와 이 일을 협의하게 된다. 그녀는 자진하여 집시를 지휘해서 이 계획을 원조할 것을 제의한다. 파블로의 부하는 전원 필라의 명령에 따라 착착 계획을 진행하는데 이러는 중에 스페인의 소녀 마리아는 뜨겁게 죠단을 사랑하게 된다. 드디어 3일째인 이른 아침, 죠단일행은 철교 폭파에 성공한다. 그러나 그는 말을 몰고 달리는 순간, 적군의 포화에 쓰러지는데...

1938년의 봄. 나를 둘러싼 모든 것은 낯설고 힘들었다… 1938년의 봄, 스페인은 파시즘과 반 파시즘의 대립이 불러일으킨 내전의 폭풍에 휘말려있다. 이런 격동의 시기에 엄마와 함께 고향인 스페인의 시골마을로 여행을 떠나온 열두살 소녀 캐롤. 하지만 엄마는 이 곳에서 어린 캐롤을 남겨두고 세상을 떠난다. 또한 미국인인 캐롤의 아빠는 ‘국제여단’ 소속의 비행사로 전쟁 중이라 그녀에게 올 수 있는 상황이 아니다. 파시스트들이 가득한 마을의 따가운 시선에도 외할아버지는 캐롤을 감싸주려고 하지만, 결국 파시스트 남편을 둔 큰엄마의 집에 맡겨지게 된다. 약속해주세요... 비밀로 해주실거죠? 마을에 소문난 개구장이인 토미체를 만나게 된 캐롤은 토미체의 친구들과 함께 어울려 다니며 낯선 스페인에 꿋꿋하게 적응해간다. 하지만, 엄마의 죽음을 전쟁 중인 아빠에게 알리고 싶지 않은 캐롤은 엄마의 선생님이었던 마루하 아줌마와 토미체의 도움으로 아빠에게 엄마인 척 편지를 보낸다. 토미체는 개구장이지만 왠지 끌린다…내게 뽀뽀할 용기가 있을까? 마을사람들이 파시스트들에 의해 밤마다 처형되는 살벌한 현실 속에서도 토미체와 캐롤 그리고 친구들은 즐거운 추억과 사랑을 만들어간다. 함께 어울려 들판을 가로지르며 뛰어놀고, 둘만의 아지트를 만들어 함께 영어공부도 하며 행복한 시간을 보낸다. 하지만, 그러던 중에 스페인 내전은 파시스트 정권인 프랑코 장군의 승리로 끝나고, ‘국제여단’소속의 비행사인 캐롤의 아빠는 캐롤을 만나기 위해 위험을 무릅쓰고 캐롤이 있는 마을로 향하는데…

1936년 7월 19일. 바르셀로나 근처의 한 마을. 혁명군에게 점거 당한 수녀원에서 탈출하여 피신처를 찾아온다. 그녀가 도착한 곳은 한 창녀촌. 이곳에서 그녀는 혁명군들에게 저항하는 레지스탕스들을 만나 그들에게 합류한다. 파이로가 이끄는 이 레지스탕스들은 먼저 창녀들을 해방시키고, 혁명군들에게 빼앗긴 자유와 정의를 찾으려 한다. 비굴하게 사는 것보다 차라리 죽음을 택한 이 6명의 여성 레지스탕스들은 지옥 같은 전쟁터를 뚫고 나아가며, 이 와중에 마리아는 한 남자를 통해 사랑을 체험하고 더 없는 전우애를 느끼게 된다.

스페인 내전이 끝나고 안쇼는 갈리시아의 고향 마을로 돌아간다. 길에서 마주친 사람들은 새로운 정권에 대한 옹호와 반대 의견을 피력하고 안쇼는 마을 분위기가 예전과 같지 않음을 느낀다.