Dwie dziewczynki, Mei i Satsuki, wraz z ojcem i zmagającą się z ciężką chorobą mamą przeprowadzają się na wieś, do opuszczonego, nieco tajemniczego domu. Szybko odkrywają, że spokojna sielska okolica przepełniona jest magią. Najpierw siostry spotykają mieszkające w ich domu tajemnicze czarne kulki, później poznają łagodne i życzliwe duchy lasu, a wśród nich niezwykłego Totoro. Kiedy młodsza dziewczynka zaginie, okaże się, jak cenna jest ta przyjaźń...
Akcja rozgrywa się w roku 2029, w świecie, w którym komputery są wszechobecne. Wraz z ich ekspansją zmieniła się definicja przestępstwa. Teraz najgorszą zbrodnią jest włamywanie się do sieci. Aby temu zapobiec, powołano specjalny oddział Sekcja 9, składający się z cyborgów mających dostęp do sieci z każdego miejsca na Ziemi. "Ghost in the Shell" opowiada o poszukiwaniach przez parę agentów groźnego hakera ukrywającego się pod pseudonimem "Władca marionetek".
Scenariusz filmu powstał na podstawie XIX-wiecznej legendy, pochodzącej z jednego z krajów Europy Wschodniej. Akcja filmu skupia się na losach młodzieńca o imieniu Viktor, który razem ze swoim przyjacielem wraca z podróży, aby poślubić swoją narzeczoną Victorię. Gdy zatrzymują się w lesie, Victor znajduje patyk (który tak naprawdę jest skostniałym palcem) na który dla zabawy nakłada obrączkę, po czym wypowiada słowa przysięgi małżeńskiej. Okazuje się jednak, że to palec i na dodatek należący do zamordowanej dziewczyny... Victor decyduje się zawędrować do świata zmarłych, aby ją odnaleźć i poślubić (gdyż dziewczyna uważa się za jego prawowitą małżonkę). W tym czasie jego przyszła żona, Victoria, zastanawia się gdzie jest jej ukochany...
W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
Jest rok 3028. W wyniku inwazji Obcych Ziemia została niszczona a jej nieliczni ocaleli mieszkańcy opuścili planetę. Wśród nich jest Cale, nastolatek, który dzięki mapie swojego ojca może zaprowadzić rozbitków do miejsca, gdzie ukryty jest "Titan", ogromny statek kosmiczny zdolny zawieźć ludzi do nowego, lepszego świata. Nie wie jednak, że Obcy nigdy mu na to nie pozwolą....
W 2054 roku Paryż jest labiryntem, gdzie każdy ruch jest monitorowany i nagrywany przez ogromną korporację Avalon. Znany z kontrowersyjnych zachowań oficer policji Barthelemy Karas otrzymuje zadanie odnalezienia zaginionej w niejasnych okolicznościach pięknej i inteligentnej pani naukowiec Ilony Tasuiev. Karas szybko orientuje się, że nie tylko jemu zależy na odszukaniu kobiety i że jego bezlitośni konkurenci zrobią wszystko, aby go ubiec. Okazuje się, że Ilona jest kluczem do odnalezienia Protokołu Renaissance ? odkrycia, które na zawsze może zmienić dzieje ludzkości.
Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset
Walka pomiędzy Ziemskim Sojuszem (Naturalnymi) a organizacją ZAFT (Koordynatorami) trwa. Kira Yamato wraz ze statkiem Archanioł kontynuuje podróż po Ziemi. Znajdują oni końcu schronienie w neutralnym państwie – Królestwie Orb. Athrun i reszta pilotów – koordynatorów nie mogą uwierzyć w fakt, że Archanioł został zniszczony zgodnie z zapewniami Królestwa Orb. Wkrótce dochodzi do najkrwawszej walki miedzy Kirą a Athrunem – przyjaciółmi z dzieciństwa. Podczas walki oba Gundamy zostają zniszczone a po Kirze nie zostaje ślad. Archanioł dociera na Alaskę gdzie znów musi stanąć do walki, ponieważ ZAFT realizuje wielką operację militarną przeciwko Ziemskiemu Sojuszowi. Calem ataku stają się bazy na Alasce i w Panamie. Poczynania Archanioła zostają uznane przez Sojusz Ziemski jako zdrada.