Salateenistuses töötav meremees Robert Scott (Val Kilmer) on spionaažimaailmas kõrgelt hinnatud mees. Kui tema ülesandeks on leida valitsuse kõrgema ametniku tütar Laura Newton (Kristen Bell), määratakse tema partneriks rookie (Derek Luke), kellest saab tema kaitsja.
Eriagendil Ethan Huntil on uus missioon: hoida ära halastamatu endine agent ja nüüd rahvusvaheline terrorist, et ta saaks kätte surmava viiruse, mis võib Austraalia vallandada, põhjustades miljoneid ohvreid. Selle ärahoidmiseks on tal taas hindamatuks abiks arvutigeenius Luther Stickell, asjatundlik autojuht Billy Baird ja sensuaalne ning eksootiline rahvusvaheline varas Nhye, kellel varem olid kurjategijaga sentimentaalsed suhted ja keda nüüd Hunt meelitab.