Tvrtka Tyrell koja proizvodi replikante suočena je s problemom. Roboti koji se ni u čemu ne razlikuju od ljudi, "samo" nemaju emocija, pobunili su se i njih nekoliko se vraća na Zemlju. Tamo ih čekaju posebni policajci, "istrebljivači" osposobljeni za njihovu likvidaciju. Tvrtka je čak iz mirovine pozvala u pomoć najboljeg od njih, Deckarda.
Paul Bigler (J. Stewart) bivši je javni tužilac koji se povukao u privatnu praksu. Sada je odvjetnik koji baš i nema mnogo posla, a višak slobodnog vremena koristi čestim odlascima u ribolov. Njegov dobar prijatelj i nekoć glasoviti odvjetnik McCarthy odao se piću i s nostalgijom se sjeća svojih slavnih dana. Jednoga dana Paula nazove Laure Manion i moli da preuzme obranu njezina supruga poručnika Maniona. On je u zatvoru zbog ubojstva nasilnika koji ju je silovao. Laura još uvijek na sebi nosi tragove silovateljevih udaraca, no optužba drži da silovanja nije ni bilo.
2035. godine osuđeni James Cole nevoljko se dobrovoljno vratio u prošlost kako bi otkrio podrijetlo smrtonosnog virusa koji je izbrisao gotovo cijelo stanovništvo zemlje i prisilio preživjele u podzemne zajednice. Ali kad Colea pogrešno pošalju u 1990. umjesto u 1996., uhićen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatra dr. Kathryn Railly i pacijenta Jeffreyja Goinesa, sina poznatog stručnjaka za viruse, koji možda drži ključ misteriozne nevaljale skupine, Armije 12 majmuna, za koju se smatra da je odgovorna za oslobađanje od ubojite bolesti.
Umirovljenog FBI agenta Terryja McCaleba (Clint Eastwood), kojemu je upravo transplantirano srce, unajmi Graciela Rivers (Wanda De Jesus), kako bi istražio smrt njene sestre Glorije, upravo žene čije je srce dobio. Već i prvi tragovi ukazuju na činjenicu kako bi ubojica, koji je ubojstvo odradio tako da izgleda kao slučajan čin nasilja pri provali, mogao biti serijski zločinac kojeg je Terry godinama bezuspješno lovio dok je bio u FBI-ju. Može li ostarjeli McCaleb, koji je planirao svoju mirovinu provesti odmarajući se u luci, koji ne smije voziti automobil, i koji mora spavati u pravilnim razmacima, pronaći potrebnu snagu za osvetiti ženu koja mu je produljila život?