Dr. Indiana Jones (Harrison Ford) jest archeologiem, który łączy wykłady uniwersyteckie z ekspedycjami badawczymi. Właśnie powrócił z ostatniej, w trakcie której odniósł porażkę w rywalizacji z naukowcem pracującym dla nazistów. Nie dane jest mu zająć się nauczaniem. Otrzymuje bowiem tajne zadanie od służb specjalnych. Wyrusza do Egiptu, gdzie prawdopodobnie odkryto miejsce przechowywania Arki Przymierza. Nie może dopuścić, by święte trofeum znalazło się w rękach Niemców. Pomoże mu w tym jego dawna dziewczyna, Marion (Karen Allen).

W zimowy wieczór stary kawaler Seligman znajduje na wpół przytomną, pobitą Joe. Przyprowadza dziewczynę do swojego mieszkania, ogląda jej rany i próbuje zrozumieć co takiego mogło się wydarzyć, że ta kobieta jest teraz w tak złym stanie. Mężczyzna uważnie wysłuchuje historii, jakie Joe zaczyna mu opowiadać. Historii obfitujących w wiele fascynujących momentów z jej życia, bogatych w dziwne, intrygujące zdarzenia.

Po pijackiej libacji na nabrzeżu w San Pablo, doker Bobo obawia się, że tej nocy mógł zabić człowieka. Pełen obaw podejmuje pracę na barce z przynętą. Również tej nocy, ratuje piękną Annę przed popełnieniem samobójstwa i dekuje ją na barce.

Akcja filmu rozgrywa się w czasie zimnej wojny w 1957 roku, dokładnie 19 lat po "Ostatniej Krucjacie". Doktor Indiana Jones (Harrison Ford) wiedzie spokojne życie, mając posadę jako wykładowca na uniwersytecie. Jednak już wkrótce znów odda się wielkiej przygodzie, gdy dowie się o zaginionych trzynastu kryształowych czaszkach. Legenda głosi, że zostały one wykonane przez kosmitów lub wysoko rozwiniętą cywilizację Majów. Nowa podróż doprowadzi go m.in. do Meksyku i dżungli w Peru. Na dodatek będą deptać mu po piętach sowieccy agenci...

Jest rok 280 p.n.e. Grek z kontynentu, Darios, przybywa na wyspę Rodos, by odwiedzić swojego wujka. W tym czasie na wyspie dochodzi do niepokojów. Grupa spiskowców, pod wodzą Pelioklesa, chce obalić króla-tyrana. Darios szybko zostaje wplątany w polityczne intrygi...

Jonathan Rivers jest zdolnym i uznanym architektem. Pewnego dnia jego spokojnym życiem wstrząsa tragedia. W niewyjaśnionych okolicznościach najpierw znika a później umiera jego żona. Jakiś czas po tym wydarzeniu odzywa się tajemniczy mężczyzna twierdzący, że ma dowód na to, że duch jego żony przebywa cały czas na tym świecie starając się nawiązać kontakt z mężem...