Indiana Jones v nočnem klubu spozna pevko Willie Scott. Willie z Indyjevo pomočjo komaj ubeži smrti, nato pa ju pot zanese v Indijo, kjer ju čaka velika avantura. Najti morata magični kamen, ki so ga ukradli prebivalcem neke vasice. Obeta se jima vrsta nepozabnih in napetih pustolovščin, borb za življenje in tudi romantičnih trenutkov, čeprav je sprva videti, da se Willie in Indy ne prenašata najbolje.

Iskalec zakladov Ben Gates se po treh letih znova vrača na velika platna, a tokrat je njegova pustolovščina še bolj osebna, saj mora oprati družinsko ime. Ponovno najdene strani iz dnevnika morilca ameriškega predsednika Abrahama Lincolna dokazujejo, da je bil v zaroto vpleten tudi Benov pra pra dedek. Da bi dokazal nedolžnost svojega prednika, se Ben poda na težavno razkrivanje sledi in ugank iz preteklosti, ki ga vodijo od Pariza do Londona, toda dokončni odgovor se skriva v knjigi skrivnosti, do katere se lahko dokoplje le tako, da ugrabi predsednika ZDA.

19 let po zadnji avanturi se najbolj slavni pustolovski arheolog Indiana Jones vrača v razburljivi svet iskanja starodavnih zakladov, do katerih se v času hladne vojne želi dokopati tudi sovjetska vojska pod vodstvom preračunljive agentke Spalko. Na srečo lahko Indiana ob tokratnih vratolomnih avanturah računa na pomoč zvestih prijateljev, med drugim stare ljubezni Marion, neučakanega mladeniča Mutta in preudarnega prijatelja Maca. Skupaj se odpravijo po sledeh legende o kristalni lobanji, ker pa so odgovori skriti v starodavnih majevskih templjih, se skupina hitro znajde v smrtni nevarnosti.