Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Il y a quelques années, un pirate informatique surnommé « le rieur » avait kidnappé pendant deux jours un industriel fabricant des micromachines dans le domaine médical. Le criminel était apparu sur une chaîne de télévision affublé d’un smiley naïf à la place du visage. Depuis, on lui prête l’orchestration d’un vaste racket auprès de différentes sociétés de micromachines. 6 ans plus tard, le rieur refait son apparition et pirate le cerveau d’un préfet de police. Il dit vouloir ouvrir les yeux du monde sur un vaste complot médico-politico-militaire. C’est alors que la Section 9 est confrontée à nombreux actes terroristes commis par des individus se réclamant tous être « le rieur ». Mais qui sont ces copies ? Qui est l’original ? Certains groupuscules ne se serviraient-ils pas du rieur pour œuvrer à leurs fins ? Motoko et son équipe doivent démêler cet écheveau qui ira jusqu’à mettre en péril la vie de plusieurs membres de la cyber-police.
À Los Angeles en 1984, un Terminator, cyborg surgi du futur, a pour mission d'exécuter Sarah Connor, une jeune femme dont l'enfant à naître doit sauver l'humanité. Kyle Reese, un résistant humain, débarque lui aussi pour combattre le robot, et aider la jeune femme…
Sam Bell vit depuis plus de trois ans dans la station lunaire de Sarang, où il gère l'extraction de l'hélium 3, seule solution à la crise de l'énergie sur Terre. Souffrant en silence de son isolement et de la distance le séparant de sa femme et de sa fille, il passe son temps à imaginer leurs retrouvailles. Mais quelques semaines avant la fin de son contrat pour l'entreprise Lunar, Sam se met à voir et à entendre des choses étranges...
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
Passionné de logiciels et des années trente, Hannon Fuller est parvenu à recréer l'époque qu'il affectionne, dans laquelle il peut se projeter. Au cours d'un de ses voyages virtuels, il fait une découverte aussi fascinante qu'effrayante, dont il cherche à faire part à son associé, Douglas Hall. Malheureusement, il est assassiné avant d'avoir pu communiquer son secret. Pour l'inspecteur McBrian, Douglas devient le suspect ideal. Pour prouver son innocence, Douglas décide de trouver l'assassin de son ami dans son passé virtuel.
Dans un XXIe siècle où la fonte des glaces a submergé la majorité des terres habitables et provoqué famines et exodes, les robots sont devenus une composante essentielle de la vie quotidienne, et assurent désormais la plupart des tâches domestiques. Pourtant, le professeur Hobby veut aller encore plus loin en créant le premier androïde sensible : un enfant capable de développer un vaste répertoire d'émotions et de souvenirs. Peu après cette annonce, David, un robot de onze ans, fait son entrée chez Henry et Monica Swinton, un couple dont le jeune fils a été cryogénisé en attendant la découverte d'un remède pour guérir sa grave maladie. Bientôt abandonné par sa mère adoptive, David entame un périlleux voyage à la recherche de son identité et de sa part secrète d'humanité.
Quand la mission de capture d'un robot rebelle part à vau-l'eau, une brillante analyste spécialisée dans l’antiterrorisme se résout malgré elle à faire confiance à l'IA.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…
Un esclave extraterrestre s'écrase à New York alors qu'il est poursuivi par deux chasseurs de primes Men in Black. Sa tentative de trouver une place pour lui-même sur Terre est parallèle à celle de l'expérience des immigrants.
10 ans ont passé depuis « Le Jugement dernier ». Désormais âgé de 22 ans, John Connor vit dans l'ombre, sans foyer, sans travail, sans identité. Mais les machines de Skynet parviennent à retrouver sa trace. Ils envoient alors vers le passé la T-X, une androïde nouvelle génération quasi-invulnérable, pour éliminer le futur leader de la résistance humaine mais également Kate Brewster, une jeune vétérinaire. Un autre Terminator, le T-101, est venu protéger la vie de John Connor. Ensemble, l'homme et la machine vont mener une lutte acharnée contre la T-X : de l'issue de ce combat dépendra le futur de l'humanité…
Les futurs parents, Sam et Georgia, se lancent dans un voyage périlleux afin de trouver un endroit où se mettre à l'abri avant la naissance de leur enfant. Ils fuient leur domicile après le soulèvement des androïdes.