《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

天津垓感染了漏洞体病毒，患了游戏病，而且是同时感染了两种病毒——檀黎斗与檀正宗同时出现在他体内。经过一番激烈的斗争后，天津垓终于战胜了游戏病，檀黎斗也与父亲达成和解。但痊愈后的天津垓似乎有所图谋，使用了社长升程密钥，让修码吉亚学习了幻梦公司的社长相关业务知识。一切就像预料中的那样进行了下去，完成学习任务的修码吉亚，感染上了檀黎斗的漏洞体病毒，檀黎斗借修码吉亚的躯体复活了！天津垓像檀黎斗传达了自己让他复活的目的，但檀黎斗充耳不闻。天津垓为了达成自己的目的，拿出了全新的驱动器。 用社长升程密钥复活的修码吉亚檀黎斗（假面骑士幻梦 无双玩家），与战胜游戏病后助黎斗复活的天津垓（假面骑士千骑 亚克），两人英姿重现，上演社长之间的对决！

在一个反乌托邦的未来，巴西政府颁布了一项措施，迫使黑人公民移民到非洲，试图回到他们的原籍。看到自己身处恐怖的中心，两个表兄弟在一间公寓里避难，他们在那里讨论社会和种族问题，对国家的改变有着同样的渴望。

在第三次世界大战期间，美国政府发起了一个秘密的项目代号为“陆军培根”，以创造超级士兵近交人与猪。25年后，一种叫做“枪口”已经占据食物链的顶端，吃和人类饲养动物一样。罗布正义是一个前赏金猎人工作的最后一行人类抵抗-一组幸存者躲藏在核掩体深处地下。他的任务是找出枪口上台并消灭他们。

深埋在俄罗斯的实验室里，Karl Zimmer博士发明了一种仿人机器人，它是一种仿人控制的机器人。他已经将这项发明提供给了美国，后者已经派史米斯去CIA等待检查。然而，Zimmer的合作伙伴德拉戈有不同的计划，想把MalDoad卖给军方。他试图盗取曼德罗的那天晚上，他暴露在剧毒的超级科恩身上。但他可以逃走，不会放弃曼德罗机器人，即使他被严重毁容了。